关于政府采购质疑补证函的法律依据和规定，主要可以归纳为以下几点：
法律依据：
- 《中华人民共和国政府采购法》：该法第五十二条规定，供应商认为采购文件、采购过程和中标、成交结果使自己的权益受到损害的，可以在知道或者应知其权益受到损害之日起七个工作日内，以书面形式向采购人提出质疑。这一条款为供应商提出质疑提供了法律基础，而质疑补证函作为质疑过程的一部分，也间接受到该法的规范。
- 《中华人民共和国政府采购法实施条例》：该条例第五十三条规定，政府采购法第五十二条规定的供应商应知其权益受到损害之日，是指对可以质疑的采购文件提出质疑的，为收到采购文件之日或者采购文件公告期限届满之日；对采购过程提出质疑的，为各采购程序环节结束之日；对中标或者成交结果提出质疑的，为中标或者成交结果公告期限届满之日。这一条款明确了供应商提出质疑的时间节点，对于质疑补证函的提出时间也有间接指导意义。
- 《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）：该办法第十三条明确规定，采购人、采购代理机构不得拒收质疑供应商在法定质疑期内发出的质疑函，应当在收到质疑函后7个工作日内作出答复，并以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商。同时，该办法也规定了质疑函应当包括的内容，以及质疑供应商提出质疑时应当提供的证明材料。虽然该办法没有直接提及“质疑补证函”，但质疑过程中可能需要补充证明材料，此时即可视为质疑补证函的情境。
质疑补证函的具体规定：
- 补证函的提出：在质疑过程中，如果采购人或采购代理机构认为质疑供应商提供的证明材料不充分或存在疑问，可以要求质疑供应商在规定时间内补充证明材料。此时，质疑供应商需要提交质疑补证函，以完善其质疑理由和证据。
- 补证函的内容：质疑补证函应当针对采购人或采购代理机构提出的疑问或要求进行补充说明，提供额外的证明材料或证据，以支持其质疑主张。补证函的内容应当真实、准确、完整，不得有虚假陈述或遗漏重要信息。
- 补证函的提交时间：质疑供应商应当在采购人或采购代理机构规定的时间内提交质疑补证函。逾期提交的，可能被视为放弃质疑权利或质疑无效。
实际操作建议：
- 及时沟通：在质疑过程中，质疑供应商应与采购人或采购代理机构保持密切沟通，及时了解质疑进展和需要补充的证明材料。
- 准备充分：在提交质疑补证函前，质疑供应商应仔细审查其质疑理由和证据，确保补证函的内容能够充分支持其质疑主张。
- 遵守规定：质疑供应商应严格遵守政府采购法律法规和采购文件的规定，按照要求提交质疑补证函和其他相关材料。
总结来说，政府采购质疑补证函的法律依据主要来源于《中华人民共和国政府采购法》、《中华人民共和国政府采购法实施条例》以及《政府采购质疑和投诉办法》等法律法规。在实际操作中，质疑供应商应了解并遵守这些规定，确保质疑过程的合法性和有效性。如果您在政府采购质疑过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。