核心结论：针对两兄弟分开收房租，拆迁时按法院判决执行协议的撰写，关键在于明确协议主体、拆迁权益分配、执行条款及争议解决机制等内容，以下为具体协议撰写要点。

1. 协议主体信息明确
   • 协议开头需清晰写明两兄弟的姓名、身份证号、联系方式等基本信息，以确定协议双方主体身份，避免因主体不明确引发后续纠纷。例如：“甲方：姓名[具体姓名]，身份证号[具体号码]，联系地址[详细地址]，联系电话[电话号码]；乙方：姓名[具体姓名]，身份证号[具体号码]，联系地址[详细地址]，联系电话[电话号码]”。
2. 房屋基本情况阐述
   • 详细描述房屋的坐落位置（具体到门牌号）、面积（建筑面积、使用面积等）、产权归属情况（如是否为两兄弟共有，共有的具体份额等）。例如：“位于[房屋具体地址]的房屋，建筑面积为[X]平方米，该房屋为甲乙双方按份共有，甲方占有[X]%份额，乙方占有[X]%份额”。
3. 房租收取约定说明
   • 明确分开收房租的具体方式、比例或范围。比如，若房屋有多个出租单元，可约定甲方收取某一单元的房租，乙方收取另一单元的房租；或者按照一定比例分配整体房租收入。同时，要规定房租收取的时间节点、支付方式（如银行转账、现金等）以及相关税费承担方式。例如：“甲方负责收取房屋一层左侧房间的房租，乙方负责收取房屋一层右侧房间及二层全部房间的房租。每月[具体日期]前，双方将各自收取的房租以银行转账方式支付至对方指定账户。房租收入产生的税费，按照双方收取房租的比例各自承担”。
4. 拆迁相关条款设定
   • 拆迁权益分配：明确在房屋面临拆迁时，各项拆迁补偿权益（如房屋价值补偿、搬迁补偿、临时安置补偿、停产停业损失补偿等）的分配方式。可以根据双方在房屋中的产权份额、对房屋的贡献等因素进行合理分配，并在协议中详细列明。例如：“若房屋拆迁，房屋价值补偿按照甲乙双方在房屋中的产权份额进行分配，即甲方获得[X]%的补偿，乙方获得[X]%的补偿；搬迁补偿、临时安置补偿等费用，双方平均分配”。
   • 执行依据与方式：强调在拆迁时，双方需严格按照本协议以及法院可能作出的相关判决来执行权益分配。明确若一方不履行协议或判决，另一方有权采取的法律措施，如申请法院强制执行等。例如：“双方承诺，在房屋拆迁过程中，严格遵守本协议约定以及法院最终作出的判决。若一方违反本协议或法院判决，另一方有权向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求违约方承担违约责任，并申请法院强制执行”。
5. 争议解决机制约定
   • 约定在协议履行过程中或拆迁过程中出现争议时的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。建议优先选择协商和调解，若协商调解不成，再明确具体的仲裁机构或诉讼法院。例如：“双方在履行本协议过程中如发生争议，应首先通过友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向房屋所在地的人民调解委员会申请调解；调解不成的，可向房屋所在地有管辖权的人民法院提起诉讼”。
6. 其他条款补充
   • 可以根据实际情况增加一些其他条款，如协议的变更与解除条件、协议的生效时间、协议的份数及持有方式等。例如：“本协议自双方签字（或盖章）之日起生效，一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。本协议生效后，未经双方书面同意，任何一方不得擅自变更或解除本协议”。

在撰写协议过程中，为确保协议的合法性和有效性，建议参考相关法律法规，如《中华人民共和国民法典》中关于共有财产、合同订立与履行等方面的规定。若对协议内容存在疑问或需要进一步优化，可直接向我咨询。