结论：微信流水未作为证据使用后，再去调取档案资料被拒绝是否合理，需根据具体情况判断。若调取行为符合法律规定且未超出合理期限，一般不应被拒绝；若调取行为不符合规定或已超出合理期限，则可能被拒绝。以下从多个角度进行分析：
一、证据调取的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人有权在诉讼过程中向法院申请调取证据，包括银行流水、微信流水等电子数据。
- 若微信流水在之前的诉讼程序中未被作为证据使用，但后续发现其与案件有关联，当事人仍有权申请调取。
调取程序：
- 当事人应向法院提交书面申请，说明调取证据的目的、理由及证据的具体内容。
- 法院在审查申请后，认为符合调取条件的，会出具调取证据通知书，并指定调取的时间和地点。
二、档案资料调取被拒绝的可能原因
超出合理期限：
- 若案件已结案，且调取微信流水的申请是在结案后提出的，法院可能以超出合理期限为由拒绝调取。因为结案后，法院的档案资料管理可能进入归档阶段，不再随意对外提供查询。
- 建议：在这种情况下，当事人可以尝试与法院沟通，说明调取证据的紧迫性和必要性，看是否能够获得特殊许可。
调取行为不符合规定：
- 若当事人未按照法院规定的程序提交调取申请，或者申请内容不明确、不具体，法院可能拒绝调取。
- 建议：当事人应仔细阅读法院关于调取证据的相关规定，确保申请符合要求。如有疑问，可以咨询法院工作人员或专业律师。
档案资料已销毁或转移：
- 在某些情况下，法院可能因档案资料已销毁或转移而无法提供查询。这通常发生在案件结案多年后，且档案资料未得到妥善保存的情况下。
- 建议：若遇到这种情况，当事人可以尝试向其他相关部门或机构查询，如微信客服、银行等，看是否能够获取到相关证据。
三、应对策略
与法院沟通：
- 当事人可以首先尝试与法院沟通，了解拒绝调取的具体原因，并寻求解决方案。
申请复议或上诉：
- 若当事人认为法院的拒绝调取决定不合理，可以依法申请复议或上诉，要求法院重新审查调取申请。
寻求其他证据来源：
- 在无法从法院调取微信流水的情况下，当事人可以尝试从其他渠道获取相关证据，如微信客服、银行流水等。
最后，微信流水未作为证据使用后，再去调取档案资料被拒绝是否合理，需根据具体情况判断。若您遇到此类问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。