发起人协议解除后，对目标公司的处理需根据协议解除的具体原因、协议条款约定及公司实际情况综合判断，核心处理方式包括协议清算、股权转让、公司解散清算或继续存续等。以下分情况详细说明：
若协议因发起人协商一致解除，且协议中明确约定了解除后的处理方式
根据《民法典》第五百六十二条，当事人协商一致可以解除合同。此时应优先按照协议约定处理目标公司：
- 若约定发起人需将股权转让给第三方或公司其他股东，需按《公司法》第七十一条办理股权转让手续，修改公司章程并办理工商变更登记；
- 若约定公司解散清算，需按《公司法》第一百八十条、第一百八十三条成立清算组，完成清算程序后注销公司；
- 若约定公司继续存续但调整发起人权利义务，需签订补充协议明确后续合作规则，避免因权责不清引发纠纷。
若协议因一方违约解除（如未履行出资义务、违反竞业限制等）
非违约方可根据《民法典》第五百六十三条主张解除协议，并要求违约方承担违约责任：
- 出资违约：若发起人未按约定缴纳出资，公司或其他发起人可依据《公司法》第二十八条要求其补足出资，并赔偿公司损失；若已严重影响公司经营，可召开股东会决议解除其股东资格（需符合《公司法解释三》第十七条条件）；
- 竞业违约：若发起人违反协议约定的竞业限制义务，公司可依据《公司法》第一百四十八条主张其所得收入归公司所有，并要求赔偿损失；
- 根本违约：若违约行为导致协议目的无法实现（如关键技术未交付、核心资源未引入），非违约方可解除协议并要求返还已投入资金，同时按协议约定或实际损失主张赔偿。
若协议因法律或政策原因解除（如设立公司违反强制性规定）
根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规强制性规定的合同无效。此时需按以下步骤处理：
- 确认协议无效：向法院或仲裁机构申请确认协议无效，明确各方责任；
- 恢复原状：发起人应返还已取得的财产（如出资款、公司资产），无法返还的折价补偿；
- 过错赔偿：若一方存在过错（如明知违法仍签署协议），需赔偿对方因此遭受的损失；
- 公司处理：若公司已成立，需按《公司法》第一百八十条“依法被吊销营业执照、责令关闭或被撤销”的情形解散公司，并完成清算注销程序。
若协议解除后发起人无法就公司处理达成一致
可通过以下途径解决：
- 协商：优先通过谈判明确各方权利义务，签订书面协议避免后续纠纷；
- 调解：向工商联、商会等第三方机构申请调解，降低解决成本；
- 诉讼/仲裁：若协商、调解无果，可依据协议中的争议解决条款（如仲裁条款）向法院起诉或申请仲裁，由司法机关裁决公司归属、股权分配或赔偿金额。
特别提醒：发起人协议解除后，目标公司的处理需兼顾《民法典》合同规则与《公司法》公司治理规则，建议根据具体情况委托律师起草或审查相关协议，确保程序合法、权责清晰。若有进一步疑问，可直接向我咨询。