核心结论：摩托车在禁行区内被交警拦下后逃跑，属于逃避执法行为，可能面临更严重的法律后果。建议立即主动联系交警部门说明情况，配合处理，以减轻可能的处罚。以下是具体分析：

1. 逃跑行为的法律性质
   根据《道路交通安全法》及相关规定，交警在执行职务时，公民有义务配合检查。若因逃避检查而逃跑，可能构成“阻碍国家机关工作人员依法执行职务”的行为，违反《治安管理处罚法》第五十条，可处警告或200元以下罚款；情节严重的（如冲卡、暴力抗拒等），可能面临5-10日拘留，并处500元以下罚款。若逃跑过程中引发交通事故或造成其他严重后果，还可能涉嫌危险驾驶罪或以危险方法危害公共安全罪，承担刑事责任。

2. 禁行区违规的处罚
   摩托车进入禁行区本身已违反交通法规，通常处罚为罚款20-200元、扣3分（具体以地方规定为准）。但逃跑行为会叠加处罚，导致后果更严重。例如，原本仅罚款的违规可能因逃跑升级为拘留+罚款。

3. 建议处理方式

   • 立即主动联系交警：通过交警部门公布的电话或前往就近交警队，说明逃跑原因（如紧张、误判等），表达配合处理的意愿。主动认错可争取从轻处理。
     
   • 配合调查与处罚：接受交警对禁行区违规的处罚（如罚款、扣分），并如实说明逃跑情况。若逃跑未造成其他后果，交警可能仅对违规行为处罚，不再追加逃跑责任。
     
   • 避免再次违法：今后严格遵守禁行区规定，遇检查时保持冷静，配合执法。

4. 特殊情况说明
   若逃跑是因紧急情况（如送医、避险），需提供相关证据（如医院证明、现场视频等），交警可能根据具体情况免除或减轻处罚。但需注意，紧急情况需符合法律规定的“紧急避险”条件，否则仍需承担责任。

总结：逃跑行为会加重法律后果，建议尽快主动处理，配合执法，以减少损失。如有疑问或需进一步帮助，可直接向我咨询交通法规相关问题。