结论：车位转让协议中甲方收取管理费但不承担损害责任是否合理，需根据协议具体内容、双方约定及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容与双方约定
协议自主性：车位转让协议属于民事合同范畴，双方当事人在平等、自愿的基础上，可以就车位的使用、管理、费用承担等事项进行约定。因此，如果协议中明确约定了甲方收取管理费但不承担损害责任，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定在法律上是有效的。
约定合理性：然而，合理性并非仅由协议自主性决定。如果甲方收取的管理费与其提供的管理服务明显不成比例，或者甲方在管理过程中存在过错导致车位或相关设施损坏，却完全免除其损害责任，这样的约定可能显失公平，引发争议。
二、法律规定与责任承担
管理责任：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，物业（包括车位管理）服务提供者应当按照约定提供相应的服务，并履行安全保障义务。如果甲方作为管理方，未尽到合理的管理职责，导致车位或相关设施损坏，造成乙方损失的，甲方应当承担相应的赔偿责任。
免责条款效力：协议中的免责条款，如果违反法律、行政法规的强制性规定，或者免除甲方故意或重大过失造成的责任，这样的免责条款是无效的。因此，即使协议中约定了甲方不承担损害责任，但如果甲方存在过错，仍需依法承担责任。
三、实际操作建议
审查协议内容：在签订车位转让协议前，乙方应仔细审查协议内容，特别是关于管理费、损害责任承担等条款。如果发现条款存在不合理或显失公平的情况，应及时与甲方协商修改。
保留证据：在车位使用过程中，如果发生损坏或损失情况，乙方应及时保留相关证据，如照片、视频、维修记录等，以便在需要时证明甲方的管理责任或自己的损失情况。
寻求法律帮助：如果双方就损害责任承担等问题发生争议，且无法通过协商解决，乙方可以寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式维护自己的合法权益。
总结：车位转让协议中甲方收取管理费但不承担损害责任是否合理，需根据协议具体内容、双方约定及法律规定综合判断。在签订协议前，乙方应仔细审查协议内容；在使用过程中，应保留好相关证据；如发生争议，可寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。