结论前置：非营运货车在营运过程中发生交通事故，保险公司是否拒赔商业三者险，需依据具体情况和保险合同条款来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般情况下可能拒赔的情形

   • 改变车辆使用性质：非营运货车若用于营运活动，如拉货收费、运输乘客等，这明显改变了车辆的使用性质。保险公司在订立保险合同时，是基于非营运车辆的风险状况来确定保险费率等条款的。若被保险人未将此改变告知保险公司并获得同意，一旦发生事故，保险公司有权以风险增加且未履行告知义务为由拒赔。
   • 驾驶员违法驾驶：如酒后驾驶、无证驾驶等严重违反交通法规的行为，显著增加了事故的风险，保险公司有权依据保险条款拒赔。
   • 违反其他合同约定：保险合同中可能包含关于驾驶人资质、车辆安全状态等其他约定条款。若在营运过程中出现如驾驶人无合法有效驾驶证、车辆未按规定年检等违反合同约定的情况，保险公司也有权拒赔。
   • 免责条款约定：如果保险合同免责条款中已明确约定某些情况下的拒赔，如醉酒驾车保险人免责，且该条款已生效（即保险人已对免责条款作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或口头形式向投保人作出明确说明），则保险公司有权拒赔。

2. 可能不拒赔的情形

   • 未改变车辆使用性质且符合合同约定：若非营运货车在营运过程中，并未改变其使用性质（如偶尔为朋友帮忙拉货，且未收取费用），且驾驶员资质、车辆安全状态等均符合保险合同约定，同时不存在违法驾驶等情形，那么保险公司应当按照合同约定进行赔偿。

3. 特殊情况分析

   • “营运”的界定：在实际操作中，对于“营运”的界定可能存在争议。例如，非营运货车偶尔为他人拉货，但并未形成稳定的营运关系，也未收取高额费用，这种情况下是否构成营运活动，可能需要根据具体情况和当地司法实践来判断。
   • 保险公司的告知义务：保险公司在订立保险合同时，有义务向投保人明确说明保险条款的内容，特别是免责条款。若保险公司未尽到告知义务，导致投保人未充分了解保险条款，那么在发生事故时，保险公司可能难以以免责条款为由拒赔。

4. 建议与措施

   • 仔细查阅保险合同：车主在购买保险时，应仔细查阅保险合同条款，特别是关于车辆使用性质、免责条款等内容，确保自己的行为符合保险合同的约定。
   • 及时告知保险公司：若车辆使用性质发生改变，如从非营运变为营运，车主应及时告知保险公司并办理相关手续，以免在发生事故时遭遇拒赔。
   • 保留相关证据：若发生事故并遭遇保险公司拒赔，车主应积极与保险公司沟通，了解拒赔的具体原因，并保留相关证据，如事故现场照片、交警认定书、保险合同等。
   • 寻求法律帮助：若对保险公司的拒赔决定存在异议，车主可以通过协商、调解或者法律诉讼等途径来维护自身合法权益。

综上所述，非营运货车在营运过程中发生交通事故，保险公司是否拒赔商业三者险，需综合考虑事故原因、驾驶员行为、车辆使用性质以及保险合同条款等多个因素。车主应充分了解自己的保险权益和义务，以确保在发生事故时能够得到合理的赔偿。若您有任何法律问题，可以直接向我咨询。