被告人已经还钱的情况下，案件的处理方式需根据还款时间、诉讼阶段及原告意愿综合判断，具体如下：

1. 若还款发生在诉讼前或诉讼中，且原告已撤诉
   根据《民事诉讼法》第148条，原告可在宣判前申请撤诉。若被告人已全额还款，原告通常会主动撤诉，法院审查后裁定准许，案件终结。此时被告人无需承担诉讼费（除非原告撤诉系因自身原因，如未按时缴费，此时诉讼费由原告承担）。

2. 若还款发生在诉讼中，但原告未撤诉
   法院仍会继续审理案件，但会核实还款事实。若被告人能提供还款凭证（如转账记录、收条等），法院会认定债务已清偿，判决驳回原告诉讼请求。此时诉讼费通常由原告承担（因原告败诉），但若被告未及时提出还款抗辩导致案件进入实体审理，可能需分担部分费用。

3. 若还款发生在执行阶段（已进入强制执行程序）
   被告人需立即向执行法院提交还款证明（如银行转账凭证、执行款收据等），申请终结执行程序。法院核实后会裁定“执行终结”，并解除对被告人财产的查封、冻结等措施。若被告人已履行全部义务，法院还会将其从失信被执行人名单中移除。

4. 特殊情形：部分还款或还款后仍有争议

   • 若被告人仅部分还款，原告可申请继续执行剩余债务，法院会裁定“继续执行”并要求被告人补足差额。
     
   • 若双方对还款金额、方式有争议（如利息计算、违约金等），需通过诉讼或协商明确剩余债务，法院会根据证据判决或调解。

温馨提示：被告人还款后务必保留凭证（如转账记录、收条、执行款收据等），并主动与原告或法院沟通，避免因证据缺失导致重复履行或信用受损。若涉及复杂情况（如跨省执行、财产保全等），建议直接向我咨询具体操作流程。