对于简单治安案件超过90天结案期是否还能处罚的问题，结论是：一般情况下，超过90天结案期后，公安机关原则上不再对治安案件进行处罚，但存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的处理原则
根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第九十九条的规定，公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。这意味着，在正常情况下，公安机关应在三十日（或延长后的六十日）内完成治安案件的调查和处理工作。若超过这个期限，且没有合法延长或中止的理由，公安机关原则上不再对案件进行处罚。这是因为，法律对办案期限的规定旨在保障当事人的合法权益，防止案件久拖不决，损害当事人的利益。
二、特殊情况下的处理
尽管存在上述一般原则，但在某些特殊情况下，即使超过90天结案期，公安机关仍可能对治安案件进行处罚。这些特殊情况主要包括：
案件中止或中断：如果在办案过程中，因法定事由（如当事人申请回避、需要补充侦查等）导致案件中止或中断，且中止或中断的时间不计入办案期限，那么在恢复办案后，公安机关仍可在剩余期限内对案件进行处理。
鉴定期间不计入办案期限：根据法律规定，对需要进行鉴定的案件，鉴定期间不计入办案期限。因此，如果案件涉及鉴定，且鉴定时间较长，那么实际办案期限可能会超过法定的九十日。在这种情况下，公安机关仍可在鉴定完成后，对案件进行处罚。
其他法定延长情形：除了案情重大、复杂可以延长三十日外，如果法律、行政法规或部门规章另有规定，允许在特定情况下进一步延长办案期限，那么公安机关也可在延长后的期限内对案件进行处理。
三、法律后果与建议
法律后果：如果公安机关超过法定期限未对治安案件作出处理决定，且不存在上述特殊情况，那么当事人有权向上一级公安机关或相关部门投诉、举报，要求依法追究相关责任人员的责任。同时，当事人也可以依法提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
建议：对于当事人而言，如果发现自己的治安案件超过法定期限仍未得到处理，应及时向公安机关了解案件进展情况，并要求公安机关说明原因。如果公安机关无法给出合理解释或拒绝处理，当事人应考虑通过法律途径维护自己的权益。
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