针对您提出的“一个合同有两个违约金怎么算”的问题，这确实是一个涉及合同条款理解和法律适用的复杂问题。下面我将结合相关法律知识和实践经验，为您详细解答。
一、合同中存在两个违约金条款的合法性
首先，需要明确的是，一份合同中存在两个违约金条款本身并不违法，但这两个条款必须符合《民法典》中关于违约金合理性的要求。具体来说，需要满足以下条件：
约定明确性：两个违约金条款需要具体区分适用场景，例如，一个针对迟延履行，另一个针对质量不达标，且各自的计算方式和比例都需明确。
非重复性：不得对同一违约行为同时主张多重违约金。比如，如果既约定了迟延交货的日息违约金，又约定了高额的滞纳金，且这两者都是针对迟延交货这一行为，那么这种重复计算可能是无效的。
公平性审查：违约金的总额不得超过实际损失的合理范围，通常司法实践中会以实际损失的30%作为调整标准。
二、两个违约金条款的计算方式
当合同中存在两个有效的违约金条款时，其计算方式应遵循以下原则：
区分违约行为：首先，需要明确是哪个违约行为触发了哪个违约金条款。比如，如果一方既迟延交货又提供了质量不达标的产品，那么这两个违约金条款可能分别适用。
分别计算：根据各自条款的约定，分别计算两个违约金的金额。比如，迟延交货的违约金可能是合同总金额的每日0.1%，而质量不达标的违约金可能是合同总价的20%。
不叠加计算：重要的是，不得对同一违约行为同时主张两个违约金。如果两个条款都针对同一违约行为，那么应选择其中一个更合理、更符合实际损失的条款进行主张。
三、特殊情况的处理
违约金与定金并存：如果合同中既约定了违约金，又约定了定金，那么根据《民法典》的规定，守约方可以选择适用违约金或者定金条款，但不得同时主张两者。
继续履行与违约金：在迟延履行的场合，即使支付了违约金，违约方仍需继续履行合同义务，除非合同另有约定。
四、风险防范与条款优化建议
为了避免未来可能出现的争议，建议在签订合同时：
明确条款：对不同类型的违约行为设置对应的违约金条款，并明确计算方式和比例。
设置上限：可以约定违约金的累计上限，比如“累计不超过合同总价的30%”。
动态调整：考虑市场波动等因素，约定在特定情况下可以协商调整违约金比例。
五、示例说明
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定：
后来，甲公司既迟延交货又提供了质量不达标的产品。那么，乙公司可以根据实际损失情况，选择主张迟延交货的违约金或质量不达标的违约金，但不得同时主张两者。如果乙公司因迟延交货遭受了实际损失，且该损失大于质量不达标可能造成的损失，那么乙公司可以选择主张迟延交货的违约金。
综上所述，一个合同中存在两个违约金条款时，应首先区分违约行为，然后分别计算各自的违约金金额，并注意不得对同一违约行为同时主张两个违约金。同时，建议在签订合同时明确条款、设置上限和动态调整机制，以减少未来可能的争议。