工程违法所得的计算主要依据违法行为的性质及具体情节，核心原则是扣除成本后计算纯收益，但不同情形下计算方式存在差异。以下分情况说明：

1. 未取得资质承揽工程
   根据《建筑法》第六十五条，若单位或个人未取得资质证书承揽工程，违法所得通常按“工程收入扣除必要成本”计算。例如：某施工队无资质承接100万元工程，实际支出材料费、人工费等成本60万元，则违法所得为40万元（100万-60万）。若无法查实成本，可能直接以工程收入全额认定违法所得。

2. 超越资质等级承揽工程
   根据《建设工程质量管理条例》第六十条，超越资质等级承揽工程的，违法所得计算方式与未取得资质类似，但需注意：若部分工程内容在资质范围内，可能仅对超出部分计算违法所得。例如：某二级资质企业承接需一级资质的工程，其中30%工程量在二级资质范围内，则违法所得可能仅按70%工程量对应的收益计算。

3. 转包、违法分包工程
   根据《建筑法》第六十七条，转包或违法分包工程的，违法所得通常按“转包人收取的管理费、差价等非法收益”计算。例如：总包单位以1000万元将工程转包，实际支付给实际施工方800万元，则违法所得为200万元（1000万-800万）。若转包过程中存在其他非法收费（如“介绍费”），也应一并计入。

4. 未按规定招标或串通投标
   根据《招标投标法》第五十三条，串通投标或未按规定招标的，违法所得可能按“中标价与实际成本差额”或“非法获利”计算。例如：某企业通过串标以500万元中标，实际成本仅300万元，则违法所得为200万元（500万-300万）。若涉及贿赂等费用，可能需扣除合理支出后认定。

关键提醒：

• 违法所得计算需以“实际发生”为前提，虚构成本或收入可能被推定为全额违法所得；
  
• 若违法行为涉及多个环节（如既未取得资质又转包），可能叠加计算违法所得；
  
• 行政机关或司法机关有权根据证据调整计算方式，当事人对计算结果有异议的，可申请复核或举证反驳。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料分析计算逻辑。