当债务人（这里可能您想表达的是“债权人”，因为通常是债权人转让债权给第三人，而非债务人“卖”债权，但我会基于您问题的核心意思，即债权转让给第三人的情况来解答）将债权转让给第三人时，法院会依据相关法律法规来处理这一民事法律行为。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、债权转让的合法性
首先，债权转让是一种合法的民事法律行为。根据《中华人民共和国民法典》第五百四十五条的规定，债权人有权将其债权的全部或部分转让给第三人，但这一行为必须遵循严格的法律规定和程序，以确保转让的顺利进行和各方的合法权益。
二、债权转让的生效条件
存在有效且可转让的债权：
- 债权必须真实、合法，且不属于法律规定的禁止转让范畴，如人身伤害赔偿债权、当事人之间明确约定不得转让的债权，以及法律明确规定不得转让的债权。
达成书面转让协议：
- 为明确双方权利义务并避免后续纠纷，建议债权人与受让人（第三人）采用书面形式签订债权转让协议，详细列明转让的债权内容、价格、支付方式等关键条款。
正式通知债务人：
- 根据《民法典》规定，未通知债务人的债权转让对其不发生效力。因此，债权人需以适当方式（如书面通知、邮件、短信等）将转让事宜告知债务人，并确保通知内容清晰、明确。
交付相关凭证与资料：
- 债权人应将其持有的与债权相关的所有凭证、资料等交付给受让人，并告知与债权有关的重要情况，如债务人的还款记录、债权是否存在担保等。
三、法院对债权转让的处理
确认债权转让的效力：
- 法院会首先审查债权转让是否符合上述生效条件。如果符合，法院将确认债权转让的效力，即受让人成为新的债权人，享有原债权人的所有权利。
处理债务人的抗辩权：
- 债务人可以向受让人主张对原债权人的抗辩权。如果债务人能够证明原债权存在瑕疵或已履行部分债务等，法院将根据实际情况进行裁决。
判决债务人向受让人履行债务：
- 一旦债权转让被确认有效，且债务人无法提出有效的抗辩，法院将判决债务人向受让人履行债务，而非原债权人。
四、常见纠纷及法院处理方式
通知问题纠纷：
- 如果债权人未通知债务人导致债务人继续向原债权人履行债务，受让人可以向原债权人主张返还不当得利。但债务人的履行行为仍视为有效，法院将据此进行裁决。
债权瑕疵纠纷：
- 如果受让的债权存在瑕疵（如已过诉讼时效、存在抗辩事由等），受让人可以根据债权转让协议向原债权人追究违约责任。法院将根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。
五、建议
为确保债权转让的顺利进行和避免法律纠纷，建议在实际操作中注意以下几点：
- 在签订债权转让协议前，务必对债权的合法性、真实性及可转让性进行充分调查。
- 采用书面形式签订转让协议，并详细列明各项条款，以避免后续纠纷。
- 及时、有效地通知债务人，并确保通知内容清晰、明确。
- 在转让过程中保持与各方的良好沟通，及时处理可能出现的争议或问题。
综上所述，当债权人将债权转让给第三人时，法院会依据相关法律法规和程序来处理这一民事法律行为。如遇复杂法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取专业指导。