已超过合同工期的项目，在符合特定条件下仍可办理农民工工资保证金保函。具体分析如下：

1. 保函办理的核心目的与原则
   农民工工资保证金保函的核心功能是保障农民工工资支付，其办理通常以项目存在用工关系为前提。即使项目已超过合同工期，只要实际仍存在农民工用工事实（如工程延期、收尾工作未完成等），且用人单位需继续支付工资，即可依法申请办理保函。
   法律依据：根据《保障农民工工资支付条例》第三十二条，施工总承包单位需存储工资保证金或提供金融机构保函，未明确限制工期状态，重点在于是否存在欠薪风险。

2. 需满足的实质条件

   • 用工关系存续：需提供证明材料（如考勤记录、工资发放记录、施工日志等），证明项目虽超工期，但仍有农民工在岗工作。
     
   • 无欠薪记录：若项目此前存在拖欠工资行为，可能被要求先清偿欠薪或增加保证金额度，但并非绝对禁止办理。
     
   • 符合地方规定：部分地区可能对超工期项目保函办理有额外要求（如延长保函有效期、补充担保措施等），需以当地人社部门政策为准。

3. 操作建议

   • 优先沟通协调：向当地人社部门或劳动监察机构说明项目超工期原因及用工情况，确认是否需补充材料或履行特定程序。
     
   • 选择合规金融机构：确保保函出具方（银行、保险公司等）符合当地认可范围，避免因格式或效力问题被拒。
     
   • 保留证据链：完整保存用工合同、工资支付凭证、保函申请文件等，以备后续核查或争议解决。

总结：超合同工期项目办理保函的关键在于“实际用工”和“合规性”。若项目仍需使用农民工且无重大欠薪问题，可依法申请；若已完工且无用工需求，则无需办理。具体操作需结合项目实际情况和地方政策，如有疑问可直接向我咨询。