在医疗器械委托生产中，合格证上的公司名称应当填写受托方的名称。以下从法规要求、实际操作及法律责任三个角度进行详细分析：

一、法规要求

根据《医疗器械委托生产管理办法》及相关法规，医疗器械的委托生产涉及两个核心主体：委托方和受托方。委托方是医疗器械的注册人或备案人，负责产品的设计、研发、上市后管理等；受托方则是实际进行生产的企业，需具备相应的生产资质和生产能力。在医疗器械的生产过程中，合格证是证明产品符合质量标准的重要文件。由于合格证直接关联到产品的生产过程和质量控制，因此，合格证上的公司名称应当填写实际进行生产的企业，即受托方的名称。

二、实际操作

在实际操作中，委托方和受托方会签订详细的委托生产协议，明确双方的权利和义务。其中，关于合格证的填写，协议中通常会明确规定由受托方负责填写并加盖公章。这样做的好处在于：

1. 确保信息的准确性：受托方作为实际生产者，对产品的生产过程和质量控制有最直接的了解，因此由其填写合格证可以确保信息的准确性和真实性。
2. 便于监管和追溯：在医疗器械的监管过程中，监管部门需要能够追溯到产品的生产源头。如果合格证上填写的是受托方的名称，那么监管部门可以更容易地找到实际生产者，进行必要的检查和调查。

三、法律责任

如果合格证上填写了错误的公司名称，可能会引发一系列法律责任问题。例如：

1. 产品质量责任：如果产品出现质量问题，而合格证上填写的是委托方的名称，那么消费者或监管部门可能会首先追究委托方的责任。然而，实际上产品是由受托方生产的，委托方可能并不直接了解生产过程中的具体情况，这可能会给委托方带来不必要的法律风险。
2. 监管处罚：监管部门在检查过程中，如果发现合格证上的公司名称与实际生产者不符，可能会认为企业存在违规行为，从而对企业进行处罚。这种处罚不仅可能涉及罚款，还可能影响企业的声誉和信誉。

建议：在医疗器械委托生产过程中，委托方和受托方应严格按照法规要求签订委托生产协议，并明确合格证的填写方式和责任主体。同时，双方应加强沟通和协作，确保产品的生产过程和质量控制符合法规要求，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。