发起人公司通过金融交易中心进行融资时收取通道费是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法性分析
合同约定角度：
- 如果发起人公司与金融交易中心或其他相关方在合同中明确约定了通道费的收取标准、方式及用途，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么收取通道费是合法的。合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当受到法律保护。
法律法规角度：
- 目前，我国并没有直接针对“通道费”的明确法律规定。但是，如果通道费的收取行为违反了《中华人民共和国价格法》、《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规的规定，如构成价格欺诈、不正当竞争等，那么该行为就是违法的。
- 此外，如果通道费的收取与金融交易中心的业务范围、资质等不符，或者存在利用通道费进行非法集资、诈骗等违法犯罪活动，那么该行为同样会受到法律的制裁。
行业规范角度：
- 金融行业有其自身的行业规范和自律机制。如果发起人公司收取通道费的行为违反了金融行业的自律规定或行业规范，那么该行为可能会受到行业组织的处罚或谴责。虽然行业规范不具有法律强制力，但它们对于维护市场秩序、保护消费者权益等方面具有重要作用。
法律建议
审查合同条款：
- 在签订相关合同时，发起人公司应仔细审查合同条款，确保通道费的收取标准、方式及用途等明确、合法，并符合双方的真实意思表示。
遵守法律法规：
- 发起人公司在收取通道费时，应严格遵守国家法律法规的规定，不得利用通道费进行违法犯罪活动或损害他人合法权益。
关注行业规范：
- 发起人公司应关注金融行业的自律规定和行业规范，确保自身行为符合行业要求，以维护良好的市场秩序和行业形象。
可能的法律后果
- 如果发起人公司收取通道费的行为被认定为违法或违规，那么可能会面临法律制裁，包括但不限于罚款、没收违法所得、责令改正、吊销相关资质或许可证等。
- 同时，该行为还可能对发起人公司的声誉和信誉造成负面影响，进而影响其未来的业务发展和市场竞争力。
综上所述，发起人公司通过金融交易中心进行融资时收取通道费是否合法，需根据合同约定、法律法规以及行业规范等多方面因素进行综合判断。如果您对此有进一步疑问或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。