结论前置：当公司决定辞退员工但员工拒绝离开时，公司应首先确保辞退决定的合法性，并通过沟通协商、出具书面通知、办理工作交接等步骤妥善处理。若员工仍不配合，公司可依法采取进一步措施，包括限制权限、报警处理、寻求第三方协助或提起诉讼，以维护公司的合法权益和正常工作秩序。

一、确保辞退决定的合法性

公司在辞退员工前，必须仔细核查辞退依据是否充分、程序是否合法。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，辞退行为需符合法定情形，如员工严重违反公司规章制度、不能胜任工作且经培训或调岗后仍不能胜任等。若辞退决定存在瑕疵，员工有权拒绝离开并主张相应权益。因此，公司应确保辞退决定严格遵循法律法规的规定，并准备好相关证据材料，如劳动合同、员工手册、违纪记录、绩效考核结果等。

二、沟通协商

1. 解释辞退原因：公司应安排专人（如人力资源部门或员工的上级领导）与员工进行坦诚沟通，清晰、明确地解释辞退的具体原因和依据，消除员工的疑惑。
2. 说明权益保障：详细告知员工其应享有的合法权益，如经济补偿、未结算的工资、年假补偿等，让员工了解公司会按照法律规定处理相关事宜。
3. 倾听员工诉求：给予员工表达意见和诉求的机会，对于合理的诉求，公司可考虑协商解决；对于不合理的要求，要耐心解释并明确拒绝。

三、出具正式书面通知

若沟通协商无果，公司应向员工出具正式的《解除劳动合同通知书》。该通知书应包含以下内容：

• 员工基本信息（姓名、部门、职位等）；
• 解除劳动合同的原因（明确说明辞退基于何种法定情形或公司规章制度）；
• 解除劳动合同的日期；
• 经济补偿情况（是否有经济补偿及补偿的计算方式和金额）；
• 工作交接要求（需要完成的工作交接事项、时间和方式等）。

同时，公司应保留好送达记录，如员工签收记录或EMS寄送凭证，以确保员工已经收到该通知。

四、办理工作交接

公司要求员工按照公司规定办理工作交接手续，包括交还公司财物、移交工作资料和客户信息、结清财务账目等。公司可以指定专人负责与员工进行工作交接，并在交接完成后出具《工作交接清单》，由双方签字确认。若员工拒绝办理工作交接，公司可根据劳动合同中的相关条款（如旷工等）采取相应的纪律处分措施。

五、依法采取进一步措施

1. 限制员工权限：根据公司规定，及时限制员工的工作权限，如收回门禁卡、工作账号密码等，以防止对公司业务和信息造成损害。
2. 报警处理：若员工持续滞留公司，干扰正常运营秩序，构成侵权或违反治安管理规定，公司可选择报警。警方可根据实际情况进行调解或采取必要的法律措施，以确保公司秩序。
3. 寻求第三方协助：
   • 工会代表：邀请工会代表介入调解，从维护员工权益和企业和谐稳定的角度出发，协助双方沟通。
   • 劳动监察部门：劳动监察部门具有监督企业劳动用工行为合法性的职责，其介入有助于推动问题的合理解决。
4. 法律手段：若员工提起仲裁或诉讼，公司应积极应对，按照法律程序提供相关证据，维护自身合法权益。在此过程中，公司应保持冷静和理性，遵循法律法规和公司规章制度的规定。

六、提供离职证明

根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，公司应在解除劳动合同时为员工出具解除劳动合同的证明。离职证明应注明劳动合同期限、解除劳动合同的日期、工作岗位、在本单位的工作年限等信息，以便员工办理失业登记、领取失业保险金以及寻找新的工作。

总结与建议：公司在处理员工拒绝离开的问题时，务必保持冷静和理性，避免激化矛盾。同时，要确保自身行为的合法性，遵循法定的程序和要求。通过沟通协商、书面通知、限制权限、报警处理及法律手段等步骤，可以有效维护公司的正常运营秩序和合法权益。若在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。