当公司章程与公司法第六十六条发生冲突时，我们首先需要明确的是，公司法的规定具有优先效力。这意味着，如果公司章程中的条款与公司法的强制性规定相抵触，那么该条款将是无效的，必须按照公司法的规定来执行。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律层级关系：

   • 公司法作为全国人大或其常委会制定的法律，属于上位法。
   • 公司章程是公司内部的自治文件，属于下位规范。
   • 根据法律层级关系，下位法不得与上位法抵触，因此公司章程必须遵守公司法的规定。

2. 冲突类型及处理：

   • 如果公司章程中的条款降低了股东最低出资额，违反了公司法中关于股东出资义务的规定，那么该条款将无效，需按法律规定执行。
   • 如果公司章程规定股东会决议需全体一致同意，这与公司法中关于过半数表决权的规定相冲突，那么在没有更高位阶法律依据的情况下，该条款可能因过度限制权利而被认定无效。
   • 如果公司章程排除了股东的知情权，这违背了公司法中关于股东基本权利的规定，那么该条款同样无效，股东仍可主张其权利。

3. 冲突解决机制：

   • 内部救济：股东可以通过提案修改章程，使其内容符合法律要求。董事会或监事会也可以提出合规审查建议。
   • 司法介入：股东可以提起确认章程条款无效之诉，请求法院对争议条款的效力进行认定。
   • 行政监管：市场监管部门在年检或备案过程中发现违法章程，可以责令公司整改，情节严重的还可以处以罚款等行政处罚。

综上所述，当公司章程与公司法第六十六条发生冲突时，我们应优先遵守公司法的规定。如果公司章程中的条款与公司法的强制性规定不一致，那么该条款将无效。为了避免这种情况的发生，建议公司在制定章程时聘请专业律师进行审核，确保章程内容符合最新法律规定。同时，公司也应关注公司法的修订动态，及时更新章程内容以适应法律变化。