招投标合同中双方约定的变更，在符合法定条件和程序的情况下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法变更下合同有效
协商一致与书面协议：
- 招投标合同签订后，若因企业合并、分立、项目调整等正常变更情况需要调整合同内容，必须确保原合同各方（包括招标人与中标人）就变更事宜达成明确的一致意见，并通过书面协议的形式明确各方权利义务的转移和承接。这是合同变更的基本前提，也是保证合同继续有效的关键。例如，若因设计变更导致工程量增加，双方应就增加的工程量、价款等达成一致，并签订书面补充协议。
法定审批与备案程序：
- 对于某些特定的招投标项目，如涉及政府财政资金投入或公共利益的大型基础设施建设项目，合同变更还需履行特定的审批、备案程序。只有当这些程序得到妥善完成，合同才能保持其有效性。此步骤是确保合同变更符合法律法规要求的重要环节。比如，若变更内容涉及项目规模的扩大或建设标准的提高，可能需要经过相关政府部门的审批。
不违背强制性规定：
- 合同变更的内容必须严格遵守国家法律法规的强制性规定。任何试图通过变更合同来规避招投标程序、损害其他投标人权益或降低项目质量标准的行为，都将被视为无效，并可能影响整个合同的法律效力。例如，若变更导致合同价款大幅降低，可能损害其他投标人的公平竞争权，这样的变更就是无效的。
二、违法变更下合同效力存疑或无效
非法转包与违法分包：
- 如果合同变更是通过非法转包、违法分包等不合法方式进行的，那么这种变更行为将被视为无效。此类行为不仅违反了招投标法的相关规定，还损害了市场秩序和公平竞争原则。比如，中标人将工程非法转包给不具备相应资质的单位或个人，这样的变更就是无效的。
未经同意的私自变更：
- 在未征得合同其他方同意的情况下，任何一方私自变更合同内容都是不合法的。这种行为不仅违背了合同法的基本原则，还可能导致合同关系的混乱和纠纷的产生。因此，此类变更通常被认定为无效。例如，招标人未经中标人同意，擅自变更合同中的付款方式或期限，这样的变更就是无效的。
法律责任与后果：
- 对于违法的合同变更行为，相关责任方可能需要承担违约责任，甚至面临行政处罚。这不仅是对违法行为的一种制裁，也是对市场秩序和公平竞争原则的维护。比如，因违法变更导致工程质量问题或工期延误的，责任方可能需要承担相应的赔偿责任或行政处罚。
三、特别注意事项
- 实质性内容与非实质性内容的区分：在变更招投标合同时，应特别注意区分实质性内容与非实质性内容。实质性内容如合同的标的、数量、质量、价款或报酬、履行期限、地点和方式、违约责任等核心条款，通常不允许擅自更改。而非实质性内容如双方联系地址、联系方式或技术参数的细微调整等，一般允许变更，但也应确保变更过程合法合规。
- 变更过程的透明与公正：无论变更内容是否涉及实质性条款，都应保持变更过程的透明和公正。避免出现串标、围标等违法行为，确保变更过程符合法律法规的要求。
总结来说，招投标合同中双方约定的变更在符合法定条件和程序的情况下是有效的。但在实际操作中，应充分考虑各种因素，谨慎决策，确保变更过程的合法性和合规性。如有任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。