在法院执行阶段，对于判决书中有本金、确定的逾期利息以及加倍延期利息的情况，其折抵顺序一般遵循以下原则：
本金优先原则：
- 在执行过程中，首先会确保本金的足额清偿。本金是借贷关系或合同关系中的基础金额，是债权人最核心的利益所在。因此，在执行分配时，会优先将执行款项用于偿还本金。
逾期利息随后：
- 在本金得到足额清偿后，接下来会处理逾期利息。逾期利息是因债务人未按时履行还款义务而产生的额外费用，其性质上属于对债权人因债务人违约而遭受的损失的补偿。因此，在执行分配中，逾期利息会紧随本金之后得到清偿。
加倍延期利息最后：
- 加倍延期利息，通常指的是因债务人逾期未履行还款义务，且经过法院判决后仍未履行，根据法律规定或判决内容而产生的加倍支付的迟延履行期间的债务利息。这种利息具有惩罚性，旨在督促债务人尽快履行还款义务。在执行分配中，加倍延期利息会最后得到清偿。
具体法律依据与解释：
- 根据《最高人民法院关于执行程序中计算迟延履行期间的债务利息适用法律若干问题的解释》的相关规定，迟延履行期间的债务利息包括迟延履行期间的一般债务利息和加倍部分债务利息。在执行分配时，会先清偿一般债务利息（即逾期利息），再清偿加倍部分债务利息。
- 这一分配顺序体现了法律对债权人利益的保护，同时也体现了对债务人违约行为的惩罚。通过优先清偿本金和逾期利息，确保了债权人的基本利益不受损害；而通过最后清偿加倍延期利息，则对债务人的违约行为进行了经济上的制裁。
实际操作中的注意事项：
- 在执行过程中，法院会根据判决书的内容以及双方当事人的实际情况，制定具体的执行方案。如果债务人财产不足以清偿全部债务，法院会按照上述顺序进行分配，并可能根据实际情况进行适当调整。
- 对于债权人而言，如果担心执行分配顺序或执行效果，可以在执行过程中积极与法院沟通，提供债务人的财产线索，以便法院能够更有效地执行判决。
总结与建议：
- 在法院执行阶段，对于判决书中有本金、确定的逾期利息以及加倍延期利息的情况，其折抵顺序一般遵循本金优先、逾期利息随后、加倍延期利息最后的原则。
- 如果您在执行过程中遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。