结论：宠物医院违法所得是否会处理医生，需根据具体情况判断，主要看医生是否直接参与违法行为或存在过错。以下从不同角度进行分析：

一、医生直接参与违法行为的情况

如果医生直接参与了宠物医院的违法行为，例如，医生在诊疗过程中存在故意误诊、过度治疗、使用假冒伪劣药品或医疗器械等行为，并且这些行为直接导致了违法所得的产生，那么医生很可能会受到相应的法律处理。

法律依据与后果：

• 根据《中华人民共和国执业医师法》及相关规定，医生在执业活动中若违反法律法规，如使用未经批准使用的药品、消毒药剂和医疗器械，或者非法行医，情节严重的，可能会面临警告、暂停执业活动、吊销执业证书等行政处罚，甚至可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
• 在民事方面，医生若因过错造成宠物主人损失，还需承担相应的民事赔偿责任。

二、医生未直接参与但存在管理过错的情况

如果医生并未直接参与宠物医院的违法行为，但作为医院的管理人员或负责人，对医院的违法行为存在管理上的过错，例如，未尽到监督、管理职责，导致医院出现违法行为，那么医生也可能需要承担一定的法律责任。

法律依据与后果：

• 根据相关法律法规，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。因此，如果医生作为医院的管理人员，对医院的违法行为负有直接责任，可能会受到相应的刑事处罚。
• 在行政方面，医生也可能因管理不善而受到卫生行政部门的处罚，如警告、罚款等。

三、医生完全未参与且无过错的情况

如果医生完全未参与宠物医院的违法行为，且对医院的违法行为毫不知情，也不存在任何管理上的过错，那么医生通常不会因医院的违法所得而受到法律处理。

建议与注意事项：

• 保留证据：如果医生认为自己并未参与违法行为且无过错，应保留好相关证据，如工作记录、诊疗记录等，以证明自己的清白。
• 及时报告：如果医生发现医院存在违法行为，应及时向相关部门报告，以避免自己被牵连其中。
• 咨询专业律师：在面对复杂的法律问题时，医生可以咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和帮助。

总结：宠物医院违法所得是否会处理医生，需根据医生是否直接参与违法行为或存在管理过错来判断。医生应严格遵守法律法规，尽职尽责地履行自己的职责，以避免不必要的法律风险。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。