诊所使用未备案抗菌药的处罚主要包括行政处罚，情节严重构成犯罪的，还需承担刑事责任，具体分析如下：

一、行政处罚

根据《抗菌药物临床应用管理办法》第五十条的规定，医疗机构有下列情形之一的，由县级以上卫生行政部门责令限期改正，给予警告，并可根据情节轻重处以三万元以下罚款；对负有责任的主管人员和其他直接责任人员，可根据情节给予处分：

1. 未建立抗菌药物管理组织机构或者未配备专（兼）职人员负责本机构抗菌药物管理工作的：虽然此条未直接提及未备案抗菌药，但反映了对抗菌药物管理规范的重视，未备案行为可视为管理不规范的一种表现。
2. 未将抗菌药物临床应用管理和细菌耐药监测工作纳入本机构医疗质量管理、抗菌药物使用情况评价与监督等工作的：同样，未备案抗菌药也反映了在抗菌药物管理上的疏忽。
3. **未建立抗菌药物遴选和定期评估制度，或违反规定的：若诊所使用的抗菌药物未经遴选或评估，且未备案，则直接违反了此条规定。
4. 其他违反抗菌药物临床应用管理规范的行为：这是一个兜底条款，涵盖了包括未备案抗菌药在内的其他所有违反抗菌药物管理规范的行为。

针对未备案抗菌药的具体处罚，虽然上述条款未直接提及“未备案”，但根据抗菌药物管理的整体框架和目的，可以合理推断，使用未备案的抗菌药物属于违反抗菌药物临床应用管理规范的行为，因此会受到相应的行政处罚，包括警告和罚款。罚款的金额根据情节轻重，最高可达三万元。

二、刑事责任

如果诊所使用未备案的抗菌药物导致严重后果，如患者健康受损或死亡，且该行为构成犯罪的，那么诊所的相关责任人员还需承担刑事责任。这通常涉及到医疗事故罪或其他相关罪名，具体取决于行为的性质和后果的严重程度。不过，单纯的使用未备案抗菌药行为，并不直接构成犯罪，除非该行为导致了严重的后果且符合犯罪的构成要件。