申请撤销行政协议的诉讼时效问题，需根据具体情况进行详细分析，以下是对此问题的全面解答：

1. 一般诉讼时效：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为（即行政协议签订或内容确定）之日起六个月内提出。
   • 解释：这是撤销行政协议的一般诉讼时效，旨在督促当事人及时行使诉权，维护行政法律关系的稳定。若超过此期限，除非存在特殊情况，否则人民法院将不予受理。

2. 最长保护期限：

   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条，因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
   • 解释：这是行政诉讼的最长保护期限，适用于那些因各种原因长时间未提起诉讼的案件。但需注意，这一期限并不适用于所有情况，特别是当存在其他法定起诉期限时，如一般诉讼时效或特殊情形下的诉讼时效。

3. 特殊情形下的诉讼时效：

   • 行政机关未告知诉权或起诉期限：若行政机关在作出行政行为时未告知公民、法人或其他组织诉权或起诉期限，那么起诉期限将从公民、法人或其他组织知道或应当知道诉权或起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道行政行为内容之日起最长不得超过一年（《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第六十四条）。
   • 当事人不知道行政行为内容：如果当事人不知道行政行为（即行政协议）的内容，其起诉期限从知道或应当知道该行政行为内容之日起计算，但最长不得超过行政诉讼法规定的最长时效（不动产二十年，其他五年）（《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第六十五条）。
   • 存在不可抗力等特殊情况：因不可抗力或其他不属于当事人自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。障碍消除后十日内，可申请延长期限，是否准许由人民法院决定（《中华人民共和国行政诉讼法》第四十八条）。

4. 复议后起诉的时效：

   • 法律依据：若当事人选择先复议再起诉的途径，不服复议决定的，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的，申请人可以在复议期满之日起十五日内向人民法院提起诉讼（《中华人民共和国行政诉讼法》第四十五条）。

法律建议：

• 及时行使诉权：一旦发现行政协议存在违法或不当情形，且可能损害自身权益，应及时在法定期限内提起诉讼，以免丧失诉权。
• 保留证据：在提起诉讼前，应尽可能收集并保留与案件相关的所有证据材料，如行政协议文本、相关通知、决定等，以证明自己的主张。
• 咨询专业律师：在准备提起诉讼之前，建议向我咨询，我可以根据具体情况和法律规定，提供针对性的法律建议和指导。

可能法律后果：

• 若超过诉讼时效提起诉讼，且不存在特殊情况或法定延长理由，人民法院将不予受理，当事人将丧失通过诉讼途径撤销行政协议的机会。
• 若在诉讼过程中未能提供充分证据证明行政协议存在违法或不当情形，可能导致败诉，从而承担不利的法律后果。

综上所述，申请撤销行政协议的诉讼时效问题涉及多个法律层面和具体规定。当事人必须充分了解并准确把握这些规定，以确保在法定的时效期间内提起诉讼来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。