在合同上加盖单位公章并由委托代理人签名的，该合同一般会被认定为有效，但具体还需结合实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、公章的法律效力
公章是单位对外行使权力的象征，加盖公章意味着单位对合同内容的认可和接受。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，在合同上加盖单位公章，是合同成立并生效的重要条件之一。
二、委托代理人的签名效力
委托代理人是指基于被代理人的委托授权而发生代理权的代理，为被代理人与第三人进行民事法律行为。在合同上由委托代理人签名，意味着代理人得到了单位的授权，有权代表单位签订合同。只要代理人的签名是在其授权范围内进行的，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该签名就是有效的。
三、公章与委托代理人签名共同作用下的合同效力
有效情形：
- 单位公章真实有效，且委托代理人得到了单位的明确授权，在授权范围内签订了合同。这种情况下，合同自双方签字盖章之日起生效，对双方具有法律约束力。
- 即使委托代理人签名时未明确出示授权委托书，但事后单位对代理人的行为进行了追认，或者从单位的行为中可以推断出单位对代理人的行为是认可的，那么合同仍然有效。
可能无效或存在瑕疵的情形：
- 公章不真实：如果合同上加盖的公章是伪造的或者冒用的，那么该合同可能因缺乏单位的真实意思表示而被认定为无效。
- 代理人无权代理或超越代理权限：如果委托代理人没有得到单位的授权，或者超越了授权范围签订合同，那么该合同可能因缺乏代理权而被认定为效力待定或者无效。但需要注意的是，如果事后单位对代理人的行为进行了追认，那么合同仍然可以生效。
- 合同内容违法或违背公序良俗：即使合同上有单位公章和委托代理人的签名，但如果合同内容违反了法律法规的强制性规定或者违背了公序良俗，那么该合同仍然会被认定为无效。
四、建议
对于单位而言：
- 在签订合同时，应确保加盖的公章真实有效，并妥善保管公章，防止被伪造或冒用。
- 对委托代理人的授权应明确具体，避免授权不明或超越授权范围的情况发生。
- 在签订合同前，应对合同内容进行仔细审查，确保合同内容合法合规。
对于合同相对方而言：
- 在签订合同时，应要求对方出示有效的公章和授权委托书，以确认对方的身份和授权范围。
- 对合同内容应进行仔细阅读和理解，确保自己的权益得到充分保障。
- 如发现对方存在欺诈、胁迫等违法行为，应及时向相关部门举报并寻求法律帮助。
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