结论：债主扣儿子工程款以抵偿母亲债务的行为，在一般情况下是不合法的。以下从多个角度进行分析说明：
一、法律关系角度
债务的相对性：
- 母亲与债主之间的债务关系，是特定的法律关系，仅对母亲和债主双方具有约束力。根据合同的相对性原则，债务应当由债务人（即母亲）承担，而不能随意转嫁到其他人（如儿子）身上。
工程款的性质：
- 工程款是儿子基于与发包方之间的合同关系而应得的报酬，属于儿子的个人财产或合法收入。债主无权直接扣留或处分这部分财产，除非儿子自愿同意或存在其他法律上的依据。
二、法律行为合法性角度
无权处分：
- 债主扣留儿子工程款的行为，属于无权处分他人财产的行为。根据《民法典》的相关规定，无权处分他人财产的行为是无效的，除非得到权利人的追认或事后取得处分权。
侵权行为：
- 债主的行为还可能构成对儿子财产权的侵害。儿子有权要求债主停止侵害、返还财产，并可能要求赔偿因此造成的损失。
三、特殊情况分析
儿子自愿承担债务：
- 如果儿子自愿同意承担母亲的债务，并明确表示愿意用工程款来抵偿，那么这种行为是合法的。但这种情况需要儿子有明确的、自愿的意思表示，并且不能损害其他债权人的利益。
存在法律上的连带责任：
- 在某些特殊情况下，如母亲与儿子之间存在法律上的连带责任关系（如共同借款、担保等），债主可能有权向儿子追偿。但这种情况需要具体的法律事实和证据支持，并且应当遵循法律规定的程序和条件。
四、法律建议
与债主协商：
- 如果债主坚持要扣留工程款，儿子可以尝试与债主进行协商，说明情况并寻求合理的解决方案。例如，可以提出分期偿还债务、提供其他担保等方式来化解纠纷。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，儿子可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并采取合适的法律措施来维护自己的合法权益。例如，可以向法院提起诉讼，要求债主停止侵害、返还财产并赔偿损失。
总结：债主扣儿子工程款以抵偿母亲债务的行为，在一般情况下是不合法的。儿子应当了解自己的权利和义务，并采取合适的措施来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。