结论：疫情期间本应免租6个月，但合同协商后减免了3个月，这一行为本身并不违规，关键在于双方是否达成合意以及协商过程是否合法合规。
分析说明：
合同协商的原则：
- 合同是双方意思表示一致的产物，合同的变更、解除等均需双方协商一致。在疫情期间，虽然可能存在政策导向或社会舆论呼吁房东给予租客一定的租金减免，但这并不构成法律上的强制义务。因此，房东和租客之间就租金减免进行协商，并最终达成减免3个月的协议，是双方自愿、平等、公平原则的体现，不违反法律规定。
协商过程的合法性：
- 协商过程应当遵循法律法规，不得存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。如果双方在协商过程中，均出于自愿，且没有利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，那么达成的减免协议就是合法有效的。
与政策导向的关系：
- 疫情期间，一些地方政府可能出台了相关政策，鼓励或建议房东给予租客一定的租金减免。然而，这些政策通常不具有强制力，而是作为倡导性或指导性意见存在。因此，即使政策建议减免6个月，但双方协商后只减免3个月，也不构成违规。当然，如果地方政府出台了具体的减免政策，并明确规定了减免期限和条件，那么房东和租客应当遵守这些规定。但在本题中，并未提及具体的地方政策，因此主要依据双方协商结果来判断。
后续建议：
- 如果双方已经就租金减免达成了书面协议，并签字盖章确认，那么该协议即具有法律效力，双方应当遵守。
- 如果双方只是口头协商，没有形成书面协议，那么建议尽快补签书面协议，以明确双方的权利和义务，避免后续产生纠纷。
- 如果租客认为房东在协商过程中存在欺诈、胁迫等情形，或者认为减免协议显失公平，那么租客可以依法向人民法院或仲裁机构申请撤销或变更该协议。
特殊场景：
- 如果地方政府确实出台了具体的租金减免政策，并明确规定了减免期限和条件，而房东和租客的协商结果与政策不符，那么双方可能需要重新协商或按照政策执行。但这种情况下的“违规”并非指双方协商行为本身违规，而是指未遵守地方政府的具体政策要求。
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