针对城市道路因交通违法行为被扣6分并罚款1000元的处理方式，核心结论如下：

1. 确认违法事实与处罚依据
   首先需核实处罚决定书或短信通知中的具体违法内容（如超速50%以上、闯红灯、逆行等），不同违法行为对应的法律依据和处罚标准可能不同。例如：

   • 根据《道路交通安全法》第90条，超速50%以上可能面临扣6分、罚款200-2000元；
     
   • 闯红灯（第90条）通常扣6分、罚款200元，但若伴随其他情节（如造成事故）可能加重处罚。
     建议：若对违法事实或处罚金额有异议，可要求交警部门出具完整证据链（如测速设备校准记录、监控录像等）。

2. 处理流程分步说明

   • 接受处罚：若确认违法事实无误，需在15日内携带驾驶证、行驶证、身份证及处罚决定书到指定银行缴纳罚款，逾期可能产生滞纳金（每日3%，最高不超过罚款本金）。
     
   • 扣分处理：驾驶证扣分会在一个记分周期（12个月）内累计，若扣满12分需参加7天交通安全学习并重考科目一；未满12分则记分自动清除（下一个记分周期开始时）。
     
   • 特殊情形：若处罚涉及吊销驾驶证、暂扣车辆等更严厉措施，需按通知要求配合处理（如参加听证会、提交复议申请等）。

3. 救济途径：行政复议或诉讼
   若认为处罚存在程序违法（如未告知权利、证据不足）或实体错误（如适用法律错误、量罚不当），可依法申请行政复议或提起行政诉讼：

   • 行政复议：自知道处罚之日起60日内向上一级交警部门或同级政府提出，需提交复议申请书、证据材料（如现场照片、证人证言等）；
     
   • 行政诉讼：若复议结果不满意，可在收到复议决定书15日内向法院起诉，法院将全面审查处罚的合法性。
     提示：复议或诉讼期间处罚一般不停止执行，但可申请暂缓执行（需提供担保）。

4. 长期影响与预防措施

   • 信用记录：部分地区会将严重交通违法纳入征信系统，影响贷款、保险等；
     
   • 保险费率：扣分记录可能影响下一年度商业车险保费（部分保险公司将交通违法作为费率浮动因素）；
     
   • 预防建议：定期通过“交管12123”APP查询违法记录，安装行车记录仪保留证据，遵守限速、信号灯等基本规则。

如有进一步疑问（如具体违法情形分析、复议材料准备等），可直接向我咨询，我将结合您所在地区的具体规定提供针对性建议。