司法鉴定程序违法时，鉴定费用的承担问题需根据具体情况来确定，通常遵循“谁主张、谁负担”的原则，但存在例外情形。以下是对此问题的详细分析：

一、基本原则

根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，司法鉴定费用一般由申请鉴定的一方当事人先行垫付，即“谁主张，谁负担”。这一原则体现了诉讼费用承担的一般规则，即当事人为了支持自己的主张而进行的证据收集活动，其费用应由申请人承担。然而，这一原则并非绝对，具体承担方式可能因案件类型和具体情况而有所不同。

二、不同情形下的费用承担

1. 败诉方承担：

   • 在许多案件中，如果经过鉴定后，提出鉴定申请的一方胜诉，或者鉴定结果对另一方不利，那么鉴定费用往往由败诉方承担。这是因为败诉方需要为其错误的主张或抗辩行为负责，包括因此产生的鉴定费用。例如，在合同纠纷中，如果因被告违约导致原告申请鉴定，且鉴定结果支持了原告的主张，那么鉴定费用应由被告承担。

2. 双方协商分担：

   • 在某些情况下，双方当事人可能会通过协商的方式分担鉴定费用。这通常发生在双方对鉴定结果均有一定责任或争议较大的案件中。例如，在医疗纠纷中，医患双方可能对医疗过错程度存在争议，通过协商可以达成鉴定费用的分担协议。

3. 按比例分担：

   • 法院也可能根据案件的具体情况，如双方的过错程度、鉴定结果与案件的关联性等，判决双方按一定比例分担鉴定费用。例如，在某起交通事故中，法院可能根据双方的过错比例，判决双方按比例承担鉴定费用。

4. 特定情形下的特殊规定：

   • 对于某些特定类型的案件，如交通事故、医疗事故等，法律可能有特别的规定。在这些案件中，鉴定费用的承担可能与事故责任认定结果相关联。例如，在交通事故中，如果一方被认定为全责，那么该方可能需要承担全部的鉴定费用。

5. 重新鉴定的费用承担：

   • 如果一方对初次鉴定结论不服并申请重新鉴定，但重新鉴定结论与原鉴定结论一致，那么重新鉴定的费用通常由申请人自行承担。这是为了防止当事人滥用重新鉴定权利，增加对方当事人的负担。然而，如果重新鉴定的结果推翻了初次鉴定，且初次鉴定存在明显错误或不当之处，那么初次鉴定的费用也可能需要由相关责任方承担。

三、司法鉴定程序违法时的费用承担

当司法鉴定程序违法时，鉴定费用的承担问题可能更加复杂。如果鉴定程序违法导致鉴定结果被法院排除或不予采信，那么申请鉴定的一方可能因鉴定程序违法而承担不利后果，包括自行承担鉴定费用。然而，如果鉴定程序违法是由鉴定机构或鉴定人的过错导致的，且该过错对鉴定结果产生了实质性影响，那么申请鉴定的一方可能有权要求鉴定机构或鉴定人承担部分或全部鉴定费用。

举例说明：

假设在一起合同纠纷中，原告申请对货物质量进行鉴定，但鉴定机构在鉴定过程中存在程序违法的情况，导致鉴定结果被法院排除。在此情况下，原告可能因鉴定程序违法而自行承担鉴定费用。然而，如果原告能够证明鉴定机构的程序违法对鉴定结果产生了实质性影响，且该过错是导致鉴定结果被排除的唯一原因，那么原告可能有权要求鉴定机构承担部分或全部鉴定费用。

建议：

在面临司法鉴定程序违法的情况时，建议当事人及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并根据具体情况采取相应的法律措施。同时，当事人在申请鉴定时也应选择具有合法资质和良好信誉的鉴定机构，以确保鉴定程序的合法性和鉴定结果的可靠性。

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