《土地管理法》第七十八条主要针对的是农村村民未经批准或骗取批准非法占用土地建住宅的行为，对于历史遗留的非法建筑是否适用，需结合具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律条款的适用范围
《土地管理法》第七十八条明确规定了其适用对象为“农村村民”，且针对的是“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅”的行为。这意味着，该条款主要规范的是农村村民在宅基地使用上的违法行为。
二、历史遗留非法建筑的界定
历史遗留非法建筑通常指的是在过去一段时间内，由于各种原因（如法律意识淡薄、监管不到位等）而未经批准或违反规划建造的建筑物。这些建筑物可能存在于农村地区，也可能存在于城市或城镇地区。对于农村地区的历史遗留非法建筑，如果其建造行为符合《土地管理法》第七十八条所描述的情形，即未经批准或骗取批准非法占用土地建住宅，那么该条款在理论上是可以适用的。
三、具体适用情况的判断
建造时间与法律修订的关系：
- 如果历史遗留非法建筑是在《土地管理法》第七十八条修订之前建造的，且当时的相关法律法规对此类行为没有明确规定或规定较为宽松，那么在处理时可能会考虑历史因素，采取更为灵活的方式。
- 如果建造行为发生在该条款修订之后，且明确违反了该条款的规定，那么该条款将直接适用，违法者将面临相应的法律责任。
建筑物的性质与用途：
- 如果历史遗留非法建筑是农村村民的住宅，且未经批准或骗取批准非法占用土地建造，那么该条款将直接适用。
- 如果建筑物并非住宅，或者虽然属于住宅但并非由农村村民建造（如城镇居民在农村非法建造的住宅），那么该条款可能不适用，而需要依据其他相关法律法规进行处理。
地方政策与规定：
- 各地在处理历史遗留非法建筑时，可能会结合本地实际情况制定具体的政策或规定。这些政策或规定可能会对《土地管理法》第七十八条的适用进行细化或补充，因此在处理时需要综合考虑。
四、法律后果与处理建议
法律后果：
- 根据《土地管理法》第七十八条的规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准非法占用土地建住宅的，将由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
- 如果实际占地面积超过省级政府规定的宅基地面积标准，超出部分也将以非法占用土地论处。
处理建议：
- 对于历史遗留非法建筑，建议违法者主动向当地农业农村主管部门或相关部门报告情况，并积极配合处理工作。
- 在处理过程中，可以寻求专业律师的帮助，了解自己的法律权益和义务，以及可能面临的法律责任和后果。
- 如果认为自己的行为符合历史原因或特殊情况，可以积极向相关部门提出申诉或申请减免处罚等。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供更为详细和专业的法律建议。