关于您提出的“停在直行待行区是否算闯红灯以及如何处罚”的问题，这确实是一个涉及交通规则理解和应用的重要问题。下面我将结合相关法律法规和实际情况，为您详细解答。

一、直行待行区与闯红灯的认定

首先，我们需要明确直行待行区的设置目的和通行规则。直行待行区是为了提高路口通行效率而设立的特殊区域。当左转指示灯变绿时，直行车辆可以前行至待行区等待，待直行信号变为绿灯时，再迅速通过路口。

关于闯红灯的认定，通常需要满足以下条件：信号灯为红灯时，车辆前轮尚未越过停止线却继续行驶。对于直行待行区而言，如果车辆在红灯亮起前已经进入待行区，并因信号变换而停止，那么这种行为通常不被认定为闯红灯。但是，如果车辆在红灯亮起后擅自进入待行区，那么这种行为就可能被视为闯红灯。

二、处罚依据与具体措施

如果车辆在直行待行区闯红灯，根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，驾驶员将面临以下处罚：

1. 罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，将处警告或二十元以上二百元以下罚款。具体罚款金额可能因地区而异，但通常闯红灯的罚款会在200元左右。

2. 记分：按照《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的，一次记6分。

三、特殊情况与应对措施

1. 越线停车：如果车辆在红灯亮起时刚越过停止线便停在待行区，未继续行驶，这种情况通常不被认定为闯红灯，而是越线停车。越线停车的处罚因地区而异，可能处以罚款（通常为100元左右），部分地区扣2分，有些地方仅警告不扣分。

2. 申诉途径：如果您认为自己被误判为闯红灯进入直行待行区，有权进行申诉。申诉时需准备行驶证、驾驶证以及能证明误判情况的相关证据，如行车记录仪视频等。您可以通过当地交警大队违章处理窗口或交管部门的线上平台（如“交管12123”APP）提出申诉。

3. 遵守交通规则：为了避免不必要的处罚和确保行车安全，驾驶员应严格遵守交通规则，密切关注交通信号灯指示，提前观察路况，保持与前车的安全距离，确保能清晰看到信号灯。

四、总结与建议

综上所述，停在直行待行区是否算闯红灯以及如何处罚，取决于车辆进入待行区的具体时间以及红灯亮起时的行驶状态。为了避免不必要的麻烦和处罚，我建议您：

• 严格遵守交通规则，不擅自进入直行待行区或闯红灯。
• 提前观察路况和交通信号灯指示，确保行车安全。
• 如果因特殊情况被误判为闯红灯，及时通过合法途径进行申诉。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。