针对您提出的问题“直行红灯时，左转车辆起步停在左转等待区怎么处罚”，以下是我根据交通法规和实际情况为您提供的详细解答：
一、违法行为定性
在直行红灯亮起时，左转车辆起步并停在左转等待区，这一行为通常会被认定为违反交通信号灯规定。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第三十八条，车辆应当按照交通信号通行，红灯亮起表示禁止通行。此时进入左转等待区，若车辆已经越过停止线，则可能构成闯红灯的违法行为。
二、具体处罚措施
记分：
- 此类违法行为一般会被记2分至6分，具体记分情况因地区和政策差异而有所不同。有的地区可能扣3分，甚至扣6分，这取决于当地交通管理部门的严格程度和具体规定。
罚款：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。因此，直行红灯时进入左转等待区的行为，可能会被处以20元至200元的罚款。具体罚款金额同样因地区而异，有的地方可能罚款100元或200元。
三、特殊情况处理
- 如果司机是不小心误入左转等待区，并且能及时发现错误，在车辆没有完全越过停止线，或者刚刚越过停止线后能及时停车，这种情况下有可能不会被认定为闯红灯。交通管理部门可能会根据具体情况对司机进行警告或者从轻处罚。
四、驾驶人注意事项
密切关注交通信号灯：
- 驾驶人在行驶过程中应密切关注交通信号灯的变化，严格按照交通信号通行。在接近路口时，应提前观察信号灯状态，做好行车准备。
正确使用左转等待区：
- 左转等待区是为了提高路口通行效率而设置的。驾驶人在使用左转等待区时，应确保在左转绿灯亮起后再进行左转。如果直行红灯亮起时，车辆已经进入左转等待区，应立即停车等待，不得继续前行。
及时咨询与求助：
- 如对交通信号或路况有疑问，驾驶人应及时咨询当地交通管理部门或交警。在遇到特殊情况或不确定如何行驶时，可寻求交警的帮助和指导，以避免不必要的违法行为和处罚。
五、总结与建议
直行红灯时进入左转等待区的行为是违法的，将受到交通法规的处罚。驾驶人应严格遵守交通法规，确保行车安全。在行驶过程中，应密切关注交通信号灯的变化，正确使用左转等待区，并在遇到疑问或特殊情况时及时咨询与求助。这样不仅可以避免不必要的法律风险和损失，还能为道路交通安全做出贡献。