社保局在知晓您正在法院诉讼的情况下，通常不会因此拒绝受理您要求公司补交社保的申请，二者在法律程序上相互独立，但可能存在信息互通与程序衔接的情况。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律程序独立性角度
   法院诉讼与社保局行政程序属于不同法律体系下的救济途径。您向社保局申请补缴社保属于行政程序，依据《社会保险法》第六十三条，社保部门有权对未依法缴纳社保的用人单位进行稽核并责令补缴，这一程序不因您同时提起民事诉讼而受阻。社保局受理申请时，主要审查公司是否存在欠缴事实及证据，而非您是否在诉讼中。

2. 信息互通与程序衔接角度
   若法院诉讼涉及社保争议（如确认劳动关系、工资基数等），社保局可能通过法院调取相关证据或主动与法院沟通，以核实补缴依据。例如，若您在诉讼中主张的工资标准与社保缴费基数不一致，社保局可能要求您提供法院生效文书作为补缴依据。但这种信息互通仅用于程序衔接，不会导致社保局拒绝受理申请。

3. 特殊情形下的处理
   若法院已就社保争议作出生效判决（如确认公司应补缴的金额或期限），社保局通常会以判决为依据直接执行，避免与司法裁判冲突。但若您仅在诉讼中主张社保权益而未获生效判决，社保局仍会按行政程序独立审查并作出处理。

建议：

• 申请补缴时，主动向社保局说明诉讼情况，并提交相关证据（如诉讼材料、工资记录等），以便社保局全面审查；
  
• 若诉讼涉及社保争议，可申请法院出具《协助执行通知书》，要求社保局协助执行判决内容；
  
• 若社保局以“正在诉讼”为由拒绝受理，可要求其出具书面拒绝理由，并依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供更详细的法律建议。