追讨公司违法扣除的部分工资确实存在时效限制，但具体时效需根据不同情况来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一般劳动争议的仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果公司违法扣除了你的工资，你应当在知道或应当知道这一事实之日起一年内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以追讨被扣除的工资。
特殊情况下的时效延长：
- 如果因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断，从中断时起，仲裁时效期间重新计算。例如，如果你在发现公司违法扣工资后，立即与公司进行了协商，或者向劳动监察部门投诉，并因此导致仲裁时效中断，那么你可以在中断后重新计算的一年时效期内继续追讨。
- 另外，如果因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。例如，如果你因生病住院等不可抗力原因无法及时申请仲裁，那么你可以在原因消除后继续追讨，但需注意时效期间的计算。
劳动关系存续期间的特殊规定：
- 如果劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，劳动者申请仲裁不受上述一年仲裁时效期间的限制。但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。这意味着，如果你在公司工作期间发现公司违法扣工资，且你仍在公司工作，那么你可以随时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，不受一年时效的限制。但如果你已经离职，那么你需要在离职后的一年内提出仲裁申请。
建议：
- 如果你发现公司违法扣除了你的工资，建议尽快与公司进行协商，要求公司补发被扣除的工资。
- 如果协商无果，或者公司拒绝补发，你应当在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内（或根据特殊情况调整后的时效期内），向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在申请仲裁前，你可以收集相关证据，如工资条、银行转账记录、公司扣工资的通知等，以证明公司确实存在违法扣工资的行为。
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