案件被撤销后，通常不会留下案底，即不会留下犯罪记录，但公安机构可能会保留相关调查记录。以下是对这一问题的详细分析：
一、案底的定义与形成
案底，在法律语境中，特指某人过去犯罪行为的记录，主要基于法院的刑事审判和有罪判决来形成。它通常意味着有过刑事犯罪前科的档案记录，该记录由公安部门与相关国家机关保存，对个人的生活、就业等方面可能产生长远影响。
二、撤销案件的情形及法律后果
侦查阶段撤销案件：
- 根据《刑事诉讼法》的规定，若在侦查过程中发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的（如行为情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚等），应当撤销案件。
- 在此情况下，由于案件未经法院审判定罪，因此不会留下案底。
审查起诉阶段撤销案件：
- 检察院在审查起诉过程中，若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实或符合不追究刑事责任的情形，应作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微、不需判处刑罚或可免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。
- 这两种不起诉情况均表明犯罪嫌疑人未被法院判定有罪，故不会产生案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录，但这并不等同于案底。
三、撤销案件后的记录问题
- 虽然撤销案件本身不会留下案底，但在司法机关处理案件的过程中，可能会产生一些与案件相关的记录。这些记录主要用于司法工作的需要，并不等同于案底。
- 这些记录通常不对公众公开，也不会对当事人的日常生活和就业产生负面影响。然而，在特定情况下，如涉及行政违法行为并给予了行政处罚（如罚款、行政拘留等），则会留下行政处罚的记录。这种记录虽不同于犯罪案底，但也属于一种不良记录，可能对个人的未来产生一定影响。
四、特殊情况下的考虑
- 在某些特定的自诉案件中，若被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤案，严格来说行为人的行为依然构成犯罪。但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存。
五、建议与总结
- 综上所述，案件被撤销后，通常不会留下犯罪记录（案底）。但公安机构可能会保留与案件调查和处理有关的文件和信息。这些记录对个人的影响相对较小，但在特定情况下仍需注意。
- 若您对撤销案件后的记录问题仍有疑问，或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供全面、准确的法律解答。