针对执行案件已还款但申请结案被驳回的情况，你可以按照以下步骤处理：

1. 核实驳回原因：

   • 首先，你需要仔细阅读法院驳回结案申请的裁定书或通知书，明确驳回的具体原因。驳回原因可能包括但不限于：还款金额不足、还款方式不符合法院要求、存在其他未履行的义务（如利息、违约金、诉讼费等）、案件存在其他争议或未决事项等。

2. 针对驳回原因采取相应措施：

   • 如果是因为还款金额不足：你需要尽快补足差额，并重新向法院提交结案申请，附上补足金额的凭证。
   • 如果是因为还款方式不符合法院要求：你需要按照法院的要求调整还款方式，如通过法院指定的账户进行还款，并保留好还款凭证，再次提交结案申请。
   • 如果存在其他未履行的义务：你需要先履行这些义务，如支付利息、违约金或诉讼费等，然后再提交结案申请。
   • 如果案件存在其他争议或未决事项：你需要与对方当事人协商解决这些争议，或者等待法院对未决事项作出裁决后，再提交结案申请。

3. 与法院沟通：

   • 在采取相应措施后，你可以主动与法院联系，说明你已经按照法院的要求进行了处理，并询问是否可以重新提交结案申请。法院可能会要求你提供相关的证据材料，如还款凭证、履行义务的证明等。

4. 考虑法律救济途径：

   • 如果你认为法院的驳回决定存在错误或不当之处，你可以在法定期限内向上一级法院申请复议或提起上诉。但在此之前，建议你先咨询专业律师，评估复议或上诉的可行性和风险。

5. 注意事项：

   • 在整个过程中，你需要保留好所有与还款和结案相关的证据材料，如还款凭证、法院文书、沟通记录等。这些证据材料将有助于你证明自己的还款情况和申请结案的合理性。
   • 同时，你也需要关注法院的公告和通知，及时了解案件的进展情况，避免因错过重要时间节点而影响案件的处理结果。

法律背景与建议：

• 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，执行案件在申请人履行完生效法律文书确定的义务后，法院应当裁定终结执行。如果法院驳回你的结案申请，通常意味着法院认为你尚未完全履行义务或存在其他需要处理的事项。
• 在处理此类问题时，建议你保持冷静和理性，按照法院的要求积极采取措施，并主动与法院沟通。如果遇到困难或疑问，可以及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

如果你有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。