结论：公司欠对方公司货款，即便中间已经支付了一部分，对方公司仍然有可能申请冻结公司的账户，但需满足一定条件并遵循法定程序。

分析说明：

1. 申请冻结账户的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，债权人（即对方公司）在提起诉讼或申请仲裁前，或者诉讼、仲裁过程中，如果担心债务人（即您的公司）转移财产，导致判决或裁决难以执行，可以向人民法院申请财产保全，包括冻结债务人的银行账户。

2. 已支付部分货款的影响：

   • 即便公司已经支付了一部分货款，这并不影响对方公司就剩余未支付的货款申请财产保全。法院在审查申请时，会关注的是债务是否存在、债务金额以及是否存在转移财产的风险，而不是债务人是否已经部分履行了债务。

3. 申请冻结账户的条件：

   • 对方公司需要提供充分的证据证明其债权存在，且您的公司存在转移财产的风险。
   • 对方公司需要向法院提交书面申请，并缴纳一定的保证金或提供其他担保。
   • 法院在审查后，如果认为申请符合法律规定，会作出冻结账户的裁定。

4. 冻结账户的后果与应对：

   • 一旦账户被冻结，公司将无法正常使用该账户进行资金往来，这可能对公司的正常经营造成影响。
   • 如果公司认为冻结账户的行为不当或存在错误，可以向法院提出异议，并提供相应的证据来支持自己的主张。
   • 在异议期间，公司也可以与对方公司进行协商，寻求和解或达成其他支付安排，以尽快解除账户冻结。

行动建议：

• 及时沟通：建议公司与对方公司进行及时沟通，了解对方申请冻结账户的具体原因和诉求，并尝试通过协商达成和解或支付安排。
• 准备证据：如果公司认为冻结账户的行为不当，应尽快收集并整理相关证据，以便在提出异议时能够充分支持自己的主张。
• 咨询专业律师：由于财产保全和账户冻结涉及复杂的法律程序和规定，建议公司咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，并制定有效的应对策略。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。