公司对账单客户盖部门章，其效力需要根据具体情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 一般情况下：

   • 部门章通常代表公司内某一特定部门的标识，而非公司整体的法人意志。
   • 在公司对账单上，如果客户仅加盖部门章，而未加盖公司公章或合同专用章，这通常不足以证明该对账行为得到了公司的正式授权和认可。
   • 因此，在一般情况下，仅盖有部门章的对账单可能不具备完全的法律效力，公司可能据此拒绝承认对账结果。

2. 特殊情况下：

   • 如果公司与客户之间有明确的约定，或者存在长期的交易习惯，即部门章可以代表公司意志进行对账等事务，那么在这种情况下，盖有部门章的对账单可能具有法律效力。
   • 另外，如果部门章的使用已经得到了公司的正式授权，并且这种授权在对外交往中被普遍接受和认可，那么盖有部门章的对账单也可能被视为有效。

3. 法律建议：

   • 为确保对账单的法律效力，建议公司在与客户进行对账时，要求客户加盖公司公章或合同专用章，以明确表明对账行为得到了公司的正式授权和认可。
   • 如果客户坚持使用部门章，公司应与客户明确约定部门章的使用范围和法律效力，以避免后续可能出现的纠纷。
   • 在处理涉及对账单的法律事务时，建议咨询专业律师，以确保公司的合法权益得到充分保障。

综上所述，公司对账单客户盖部门章的效力并非绝对，而是需要根据具体情况来判断。为确保对账单的法律效力，建议公司在与客户进行对账时采取更为谨慎和正式的方式。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。