利害关系人确实有权申请查处预售许可证。在商品房预售许可的审批流程中，有一个重要环节是涉及利害关系人的权益保护的。具体来说，当对行政许可申请进行审查时，如果发现行政许可事项直接关系他人重大利益，行政机关应当告知该利害关系人。这时，利害关系人有权进行陈述和申辩，行政机关也应当听取其意见。

因此，如果你是某个商品房预售项目的利害关系人，并且认为该项目的预售许可证存在问题或可能对你的权益造成重大影响，你完全有权向相关行政机关提出申请，要求查处该预售许可证。在提出申请时，建议你尽可能提供详细的证据和资料，以支持你的主张，并积极配合行政机关的调查和审查工作。

总的来说，利害关系人在商品房预售许可的审批流程中享有重要的权益，可以通过合法途径维护自己的利益。如果你对具体流程或操作步骤有疑问，建议咨询当地房管局或相关法律专业人士，以获取更详细的指导和帮助。