若肇事逃逸达成协议且已支付赔偿，后续处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 协议合法有效且已履行完毕，案件通常终结
   若双方签订的赔偿协议内容合法（不违反法律强制性规定、不损害公共利益或第三方权益），且逃逸方已按协议全额支付赔偿款（如医疗费、误工费、车辆维修费等），则受害方一般无权再主张额外赔偿。此时，案件在民事赔偿层面已终结，但需注意：

   • 行政责任：肇事逃逸本身违反《道路交通安全法》第99条，即使达成民事赔偿协议，公安机关仍可能对逃逸者处以200-2000元罚款，并可并处15日以下拘留，同时吊销机动车驾驶证（若构成犯罪的，依法追究刑事责任）。
     
   • 刑事责任：若逃逸行为构成交通肇事罪（如致人重伤、死亡或重大财产损失），民事赔偿仅作为量刑情节（如从轻或减轻处罚），但无法免除刑事责任。需由公安机关立案侦查，检察院提起公诉，法院最终判决。

2. 协议存在瑕疵或未完全履行，可能引发后续纠纷

   • 协议无效情形：若协议存在欺诈、胁迫、显失公平（如赔偿金额远低于实际损失）或未明确约定赔偿范围（如未涵盖后续治疗费），受害方可依据《民法典》第147-151条主张撤销或变更协议，并要求补充赔偿。
     
   • 支付未完成：若逃逸方未按协议支付全部款项，受害方可凭协议向法院起诉，要求强制执行剩余赔偿，并可能主张逾期利息或违约金。

3. 建议操作步骤

   • 核实协议效力：检查协议是否双方自愿签订、内容是否合法、是否已公证或见证（非强制要求，但可增强证明力）。
     
   • 确认行政/刑事处理结果：向公安机关查询逃逸行为是否已受行政处罚，或是否已进入刑事立案程序。
     
   • 保留证据：保存协议原件、支付凭证（如转账记录、收条）、事故认定书、医疗记录等，以备后续维权或应对调查。
     
   • 咨询专业意见：若对协议效力、赔偿范围或法律责任有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供分析。

总结：肇事逃逸达成协议并支付后，民事赔偿可能终结，但行政或刑事责任仍需依法承担。若协议或履行存在问题，需及时通过法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我提问。