结论：被不起诉已经三年，一般情况下不能再向法院申诉，但存在特定例外情形时，仍有可能提出申诉。以下为详细分析：
一、一般情况：申诉期限已过
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，对于不起诉决定，被不起诉人如果不服，可以在收到决定书后七日以内向人民检察院申诉。这是法律明确规定的申诉期限，旨在保障当事人的合法权益，同时也确保司法程序的效率和稳定性。因此，在一般情况下，如果被不起诉已经三年，远远超过了法定的申诉期限，此时再向法院申诉，法院通常不会受理。
二、例外情形：存在新证据或新情况
尽管存在申诉期限的限制，但在某些特定情况下，即使超过了申诉期限，当事人仍有可能提出申诉。这主要适用于以下两种情形：
发现新证据：如果在不起诉决定作出后，当事人发现了新的证据，这些证据足以证明原不起诉决定存在错误或不当之处，那么当事人可以向人民检察院提出申诉，请求重新审查案件。在这种情况下，虽然超过了法定的申诉期限，但新证据的出现构成了申诉的合理理由。不过，需要注意的是，这种申诉仍然需要向人民检察院提出，而不是直接向法院提出。如果人民检察院认为申诉有理，可能会撤销原不起诉决定，提起公诉或建议公安机关重新侦查。
出现新情况：除了新证据外，如果出现了其他新情况，如原不起诉决定所依据的法律、法规被修改或废止，或者原不起诉决定所认定的事实、情节发生了重大变化等，这些新情况也可能构成申诉的合理理由。同样地，这种申诉也需要先向人民检察院提出。
三、申诉途径与注意事项
申诉途径：如前所述，对于不起诉决定的申诉，应当首先向人民检察院提出。如果人民检察院认为申诉有理并作出相应处理后，当事人仍然不服的，才可以考虑通过其他途径寻求救济，如向上一级人民检察院申诉或依法提起自诉等。但需要注意的是，直接向法院申诉通常不是法律规定的途径。
注意事项：在提出申诉时，当事人应当准备充分的证据材料来支持自己的申诉请求。同时，由于申诉期限的限制和司法程序的复杂性，建议当事人在提出申诉前咨询专业律师的意见，以确保申诉的合法性和有效性。
建议：如果您认为自己存在新证据或新情况，且这些证据或情况足以证明原不起诉决定存在错误或不当之处，那么您可以尽快向人民检察院提出申诉。如果您对申诉程序或相关法律问题存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。