结论：判处书已过两年但对方写了还款协议的情况下，是否可以强制执行需分情况讨论，若原判决书仍在执行期限内且还款协议未改变原判决内容，则可申请强制执行；若原判决书已过执行期限，但还款协议具有可执行性且符合相关条件，则可依据还款协议申请强制执行。以下为详细分析：
一、原判决书仍在执行期限内的情况
执行期限的规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。这意味着，如果判决书生效后，在两年内申请执行，是符合法律规定的。
还款协议的影响：
- 如果对方在判决书生效后，又写了还款协议，且该还款协议并未改变原判决书的内容（如还款金额、还款期限等），只是对还款方式、时间等进行了具体约定，那么这并不影响原判决书的执行力。在这种情况下，你仍然可以依据原判决书申请强制执行。
二、原判决书已过执行期限的情况
执行期限的过期后果：
- 如果判决书生效后，超过了两年未申请执行，那么根据法律规定，你将失去依据该判决书申请强制执行的权利。但这并不意味着债务就消灭了，只是你失去了通过法院强制执行来追讨债务的途径。
还款协议的可执行性：
- 如果对方在判决书过期后，写了还款协议，且该还款协议具有明确的还款金额、还款期限等要素，且双方签字盖章确认，那么这份还款协议就具有了法律上的合同效力。在这种情况下，你可以依据这份还款协议，向法院提起诉讼，要求对方履行还款义务。如果对方仍不履行，你可以在获得胜诉判决后，申请强制执行该判决。
还款协议申请强制执行的条件：
- 还款协议必须合法有效，即双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 还款协议必须具有可执行性，即协议中约定的还款金额、还款期限等要素必须明确具体，便于法院执行。
- 你必须在还款协议约定的履行期限届满后，及时向法院提起诉讼或申请仲裁（如果协议中有仲裁条款），并在获得胜诉判决或仲裁裁决后，及时申请强制执行。
三、特殊情况说明
- 执行时效的中止与中断：如果在原判决书的执行期限内，发生了法律规定的执行时效中止或中断的情形（如双方达成和解协议、债权人向债务人提出履行请求等），那么执行期限可以相应延长。在这种情况下，即使判决书看似已过执行期限，但实际上可能仍然具有执行力。
- 还款协议与原判决书的冲突：如果还款协议与原判决书在还款金额、还款期限等关键要素上存在冲突，那么需要明确以哪份文件为准。一般来说，如果还款协议是双方自愿达成的，且没有违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，那么应以还款协议为准。但这也需要根据具体情况和法院的判决来确定。
建议：在处理此类问题时，建议你先仔细审查原判决书和还款协议的内容，确定它们之间的法律关系和执行力。如果仍有疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。