无证行医被法院罚款后，会留下案底，但需区分行政处罚与刑事处罚的不同影响。具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   无证行医首先违反《基本医疗卫生与健康促进法》《医师法》等规定，由卫生健康行政部门作出行政处罚（如罚款、没收违法所得等）。此类处罚记录会留存于行政机关的执法档案中，但不属于刑事案底，仅在特定场景（如申请医师资格、卫生行业从业资格审查）中可能被查询，对普通就业、社会活动影响有限。

2. 刑事处罚层面
   若无证行医行为情节严重（如造成患者重伤、死亡，或经两次行政处罚后仍继续行医），可能构成《刑法》第三百三十六条规定的非法行医罪。被法院判处刑罚（如有期徒刑、拘役）后，会留下刑事案底，该记录将永久存入个人档案，对子女政审、公务员考试、部分职业资格申请等产生长期负面影响。

关键区分点：

• 行政处罚记录≠刑事案底，前者影响范围有限，后者涉及人格评价与权利限制；
  
• 刑事案底的触发需以“情节严重”为前提，需结合具体行为后果、主观恶性等综合判断。
  

若您或他人涉及此类问题，建议携带行政处罚决定书、刑事判决书等材料，向我进一步咨询具体法律后果及应对方案。