针对您提出的“医师定期考核违纪怎么处理”的问题，以下是根据相关法律法规及管理办法给出的详细解答：

首先，需要明确的是，医师在定期考核中若出现违纪行为，将依据其不良执业行为的性质、情节及后果，受到相应的记分处理。这一处理机制主要依据《广西壮族自治区医师不良执业行为记分管理办法》等相关规定执行，尽管具体规定可能因地区而异，但基本原则和处理方式具有普遍性。

一、不良执业行为记分制度

医师在执业过程中，若存在不符合执业资质、医德医风、风险告知、信息报告、隐私保护、药品器械管理、医疗技术应用、病历处方书写、母婴保健、传染病防控、医院管理相关制度执行等方面的行为，或发生医疗事故（损害），将被予以不良执业行为记分。记分情形共有52种，分值包括1分、2分、4分、6分、12分五种。记分周期为二年，与医师定期考核周期相对应，期满后分值清零，下一考核周期重新记录。

二、违纪处理措施

1. 记分累积处理：

   • 当医师不良执业行为记录累计记分达到8分不满10分时，将取消其当年内各种形式的评优评先活动和职称评聘。
   • 累计记分达到10分不满12分时，由承担该医师定期考核的机构对其进行离岗培训2-3个月，离岗培训期间其注册和备案的所有执业机构暂停其处方权，并报其注册的卫生健康行政部门备案。
   • 累计记分达到12分及以上时，按照医师定期考核不合格处理，由承担该医师定期考核的机构对其进行离岗培训3-6个月，离岗培训期间其注册和备案的所有执业机构暂停其处方权。培训结束经考核合格后恢复其执业；对考核不合格的，由其注册的卫生健康行政部门注销注册，予以公告，并收回医师执业证书。

2. 行政处罚与记分并行： 若医师的不良执业行为已按照卫生法律、法规、规章规定受到行政处罚，卫生健康行政部门在作出行政处罚决定后，仍需根据本办法规定予以记分。记分与处罚不能相互代替。

三、异议处理

医师对不良执业行为记分有异议的，可在收到《通知书》之日起7个工作日内向作出记分的卫生健康行政部门提出异议申请。卫生健康行政部门应当自接到异议申请之日起10个工作日内对异议申请做出处理。经核查证实对医师的记分有错误或者不准确的，应当予以更正。

四、定期考核要求

此外，根据《中华人民共和国医师法》第四十二条，国家实行医师定期考核制度。对考核不合格的医师，县级以上人民政府卫生健康主管部门应当责令其暂停执业活动三个月至六个月，并接受相关专业培训。暂停执业活动期满，再次进行考核，对考核合格的，允许其继续执业。因此，医师应按时参加定期考核，并严格遵守考核纪律，以免因违纪行为而影响自己的执业生涯。

综上所述，医师在定期考核中若出现违纪行为，将受到相应的记分处理，并根据记分累积情况面临不同程度的惩罚措施。同时，医师也有权对不良执业行为记分提出异议，并应按时参加定期考核，严格遵守考核纪律。希望这些解答能对您有所帮助。