自建房出租后转租做公寓是否合法，需分情况讨论，主要取决于原租赁合同约定、是否取得出租人同意以及是否符合相关法律法规要求。以下从不同角度为您详细分析：

一、原租赁合同有明确约定

1. 若原租赁合同明确允许转租：

   • 在这种情况下，承租人（即原租户）有权将房屋转租给第三方（即次承租人），用于公寓经营或其他合法用途。
   • 但转租时，承租人仍需确保次承租人的使用行为符合原租赁合同及法律法规的规定，不得损害出租人的合法权益。

2. 若原租赁合同明确禁止转租：

   • 承租人无权擅自将房屋转租给第三方。若擅自转租，出租人有权解除原租赁合同，并要求承租人承担违约责任。
   • 即使承租人已将房屋转租，出租人也有权直接向次承租人要求返还房屋，或要求次承租人支付租金等费用（具体取决于出租人的选择及法律规定）。

二、原租赁合同未明确约定转租事宜

1. 若承租人希望转租：

   • 承租人应事先取得出租人的书面同意。未经出租人同意擅自转租的，出租人有权解除原租赁合同，并要求承租人承担违约责任。
   • 在取得出租人同意后，承租人方可与次承租人签订转租合同，并明确双方的权利义务。

2. 若出租人同意转租：

   • 转租行为即视为合法有效。但转租期间，承租人仍需对出租人承担原租赁合同项下的义务和责任，如支付租金、维护房屋等。
   • 同时，承租人与次承租人之间的转租合同也应明确各自的权利义务，以避免纠纷。

三、转租做公寓的合法性还需考虑其他因素

1. 房屋用途是否符合规划：

   • 自建房若原本规划为住宅用途，而转租后用于公寓经营（即商业用途），可能涉及改变房屋用途的问题。
   • 根据相关法律法规，改变房屋用途需取得相关部门的批准或备案。未经批准擅自改变房屋用途的，可能面临行政处罚或法律纠纷。

2. 是否符合消防安全等要求：

   • 公寓经营需符合消防安全、卫生防疫等要求。若转租后的公寓未达到相关标准，可能面临整改或关闭的风险。
   • 承租人（或次承租人）在经营公寓前，应确保房屋符合相关要求，并办理相关手续。

法律建议

1. 在转租前：务必仔细阅读原租赁合同，了解其中关于转租的约定。若合同未明确约定，应事先取得出租人的书面同意。
2. 在转租过程中：与次承租人签订详细的转租合同，明确双方的权利义务，以避免纠纷。
3. 在经营公寓前：确保房屋符合相关规划、消防安全等要求，并办理相关手续。

若您在自建房出租转租做公寓的过程中遇到任何法律问题或纠纷，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。