结论：醉驾161且在车上休息40分钟后被查获，一般情况下，公安机关会依法立案处理，不太可能不立案。但具体是否立案，还需结合案件的具体情况和相关证据来综合判断。

分析说明：

1. 醉驾的认定与处罚：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关司法解释，醉驾是指车辆驾驶人员血液中的酒精含量大于或者等于80mg/100ml的驾驶行为。
   • 醉驾是严重的交通违法行为，一旦查实，将面临吊销机动车驾驶证、五年内不得重新取得机动车驾驶证（对于营运车辆驾驶人则是十年内不得重新取得，且重新取得后不得驾驶营运车辆）的处罚，并可能面临拘役和罚金等刑事处罚。

2. 在车上休息是否影响醉驾认定：

   • 醉驾的认定主要依据是血液中的酒精含量，与驾驶行为是否实际发生无直接关系。即使驾驶人在车上休息，只要其血液中的酒精含量达到醉驾标准，就构成醉驾。
   • 在您描述的情况下，虽然驾驶人在车上休息了40分钟，但这并不改变其醉驾的事实。公安机关在查获时，会依法进行酒精检测，并根据检测结果来认定是否构成醉驾。

3. 立案的可能性与条件：

   • 公安机关在接到醉驾报案或查获醉驾行为后，会依法进行调查取证，并根据调查结果来决定是否立案。
   • 立案的条件通常包括：有犯罪事实发生、需要追究刑事责任、且属于自己管辖范围。在醉驾案件中，只要满足这些条件，公安机关就会依法立案处理。
   • 在您描述的情况下，由于已经查实驾驶人血液中的酒精含量达到醉驾标准，且没有提及任何免责或减轻处罚的情节（如紧急避险、救助他人等），因此公安机关立案处理的可能性较大。

4. 特殊情况与例外：

   • 虽然一般情况下醉驾会立案处理，但也存在一些特殊情况或例外。例如，如果驾驶人能够证明自己在饮酒后并未驾驶车辆，或者存在其他免责或减轻处罚的情节，那么公安机关可能会考虑不立案或减轻处罚。
   • 然而，在您描述的情况下，并未提及任何此类特殊情况或例外，因此不太可能影响公安机关的立案决定。

行动建议：

• 如果您或您身边的人涉及醉驾案件，建议积极配合公安机关的调查取证工作，如实陈述事实情况。
• 同时，也可以考虑咨询专业律师（如我晏小兵律师，专注于合同纠纷、交通事故、房产纠纷领域），了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和辩护策略。
• 请务必遵守交通法规，切勿酒后驾车，以保障自己和他人的生命财产安全。