针对您提出的“未办理施工许可证擅自施工的处罚程序”这一问题，以下是根据相关法律法规整理出的详细解答：

一、处罚依据

未办理施工许可证擅自施工的行为违反了《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》以及《建筑工程施工许可管理办法》的相关规定。具体来说：

• 《中华人民共和国建筑法》第六十四条：明确规定了未取得施工许可证擅自施工的法律责任。
• 《建设工程质量管理条例》第五十七条：对未取得施工许可证擅自施工的行为提出了具体的处罚措施。
• 《建筑工程施工许可管理办法》第十二条：进一步细化了对未办理施工许可证擅自施工行为的处罚标准。

二、具体处罚程序

1. 责令停止施工：

   • 当发现未办理施工许可证擅自施工的行为时，相关主管部门（如住房和城乡建设部门）将首先责令建设单位立即停止施工。

2. 限期改正：

   • 建设单位需在主管部门规定的期限内补办施工许可证，以纠正其违法行为。

3. 罚款：

   • 根据违法情节和工程规模，建设单位将面临一定比例的罚款。具体罚款比例如下：
     • 若工程合同价款在1亿元以下，通常处以工程合同价款1%至2%的罚款。
     • 若工程合同价款超过1亿元，罚款比例为0.5%至1%。
   • 罚款金额有明确上下限，最低罚款金额为20万元，最高罚款金额不超过300万元。

4. 其他法律责任：

   • 若未办理施工许可证的行为构成犯罪，如因违规施工导致重大安全事故等，相关责任人员可能面临刑事责任追究。
   • 对于不符合开工条件的项目，若擅自施工导致质量问题或安全隐患，建设单位还需承担整改费用及相应赔偿责任。

三、特殊情形处理

• 限额以下小型工程：部分省市对建筑面积较小、投资额度较低的工程实行豁免政策，此类工程无需办理施工许可证。但具体标准需参照地方规定。
• 抢险救灾工程：为应对自然灾害、事故灾难等紧急情况而实施的工程，可先行施工后再补办手续，但需确保符合应急管理规定。

四、合规建议

为避免未办理施工许可证擅自施工带来的法律风险和经济损失，建设单位应：

• 提前规划：在项目启动前，确认是否需要办理施工许可证，并准备齐全相关材料。
• 及时申报：按照法定程序向当地住建部门提交施工许可申请。
• 咨询专业机构：对于复杂项目，可委托法律顾问或第三方服务机构协助办理相关手续。

综上所述，未办理施工许可证擅自施工将面临严格的法律责任和处罚措施。建设单位应严格遵守相关法律法规，确保项目合法合规推进。