有案子的公司通常不可以直接注销，需待所有法律事务处理完毕后方可依法申请注销。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律程序与债权人保护
公司在面临法律纠纷或案子时，其注销行为受到法律的严格限制。公司注销不仅是一个简单的行政程序，更涉及到债权债务的清理、法律责任的承担等重要法律问题。从法律程序的角度来看，公司注销必须经过严格的清算流程，包括清理公司的债权债务、通知债权人申报债权等关键步骤。如果公司在尚有未了结的法律纠纷或案子的情况下强行注销，将严重损害债权人的利益。例如，在合同纠纷中，若公司注销，胜诉方可能因公司主体的消失而无法获得应有的赔偿，导致债权无法实现。
二、违规注销的法律责任
根据相关法律规定，公司在存在未决诉讼的情况下进行注销是违法违规的行为。这种违规行为一旦被发现，相关责任人员可能需要对公司的债务承担连带责任或其他相应的法律责任。因此，为了避免不必要的法律风险和经济损失，公司在有案子时不得擅自进行注销。
三、特殊情况下的注销可能性
这并不意味着公司有案子就无法最终注销。如果公司与对方达成和解，或者通过法院判决、裁定等方式妥善解决了案子涉及的债务、纠纷等问题，并完成了合法的清算程序后，是可以依法向相关部门提出注销申请的。换句话说，只有在公司涉及的债权债务关系得到妥善处理，确保没有其他未尽事宜后，才可以进行注销操作。
四、具体操作建议
处理法律事务：对于涉及法律案件的公司，建议先积极处理这些法律事务，确保所有纠纷得到妥善解决。这可能包括与对方协商和解、参与诉讼或仲裁程序等。
履行清算义务：在处理完法律事务后，公司需按照法定程序进行清算工作，包括清理财产、编制资产负债表、通知和公告债权人、处理未了结业务、清缴税款、清理债权债务等。
申请注销：在完成清算工作并确保所有债务得到妥善履行后，公司方可按照法定程序向相关部门申请注销营业执照。
五、法律后果提示
若公司在有案子的情况下擅自注销，可能面临以下法律后果：
债权人追责：债权人可能因公司主体的消失而无法获得应有的赔偿，进而向公司股东或相关责任人员追责。
法律责任承担：相关责任人员可能因公司的违规注销行为而承担连带责任或其他相应的法律责任。
信用受损：公司的违规注销行为可能被记录在信用档案中，影响公司及其相关责任人员的信用评级和未来的商业活动。
综上所述，对于有案子的公司而言，正确的做法是先解决案子问题，待所有法律事务处理完毕后，再进行注销操作。这样做既符合法律法规的要求，也能有效保护债权人的合法权益，避免不必要的法律风险和经济损失。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。