结论：纪委收取与案件无关的借款是否合法，需根据具体情况判断，若纪委因调查需要依法采取措施则合法，若超越权限或违反程序则不合法。以下从多个角度进行分析：
一、纪委的职责与权限
纪委，即纪律检查委员会，主要负责党的纪律检查工作，包括监督党员领导干部遵守党的纪律，查处违纪违法行为等。在调查涉及党员干部的违纪案件时，纪委有权依法采取一系列调查措施，包括但不限于询问、查询、冻结、查封、扣押等。然而，这些措施的采取必须严格依法进行，且需与案件调查直接相关。
二、借款与案件的关系
借款与案件无关：
- 如果您所借的款项与纪委正在调查的案件没有直接关联，那么纪委原则上无权直接收取这笔款项。纪委的调查权限应严格限定在案件相关的范围内，不得随意扩大。
- 在这种情况下，如果纪委收取了与案件无关的借款，可能涉嫌超越权限或违反法定程序，您可以依法提出异议，并要求纪委说明收取款项的合法依据。
借款与案件有关：
- 如果您所借的款项与纪委正在调查的案件存在直接关联，例如借款被用于违法活动或作为违纪行为的资金来源等，那么纪委在依法调查的过程中，有权对这笔款项采取相应的调查措施，包括但不限于冻结、查封、扣押等。
- 在这种情况下，纪委收取款项的行为可能是合法的，但必须严格依法进行，并遵循相应的程序规定。
三、纪委收取款项的合法性判断
依法进行：
- 纪委在收取款项时，必须严格遵守相关法律法规和纪律规定，确保程序的合法性和正当性。
- 纪委应出示相应的法律文书或证明文件，说明收取款项的合法依据和目的。
超越权限或违反程序：
- 如果纪委在收取款项时超越了其法定权限或违反了法定程序，例如未出示相关法律文书、未说明收取款项的合法依据等，那么这种行为可能是不合法的。
- 在这种情况下，您可以依法向相关部门提出申诉或投诉，要求纠正不当行为并保护自己的合法权益。
四、建议与措施
了解情况：
- 首先，您需要了解纪委收取款项的具体原因和依据，以及这笔款项与案件之间的关联程度。
依法维权：
- 如果您认为纪委收取款项的行为不合法或存在疑问，可以依法向相关部门提出申诉或投诉，要求说明情况并纠正不当行为。
- 在维权过程中，您可以咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
配合调查：
- 如果纪委收取款项的行为是合法的，且与案件调查直接相关，那么您应积极配合纪委的调查工作，提供必要的协助和配合。
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