两违巡查部门拍到的违章建筑，通常会根据违章建筑的性质、情节严重程度以及相关法律法规的规定，采取相应的处理措施。具体处理方式如下：

1. 调查核实与认定：

   • 两违巡查部门在发现疑似违章建筑后，会首先进行调查核实，包括现场勘查、询问当事人、查阅相关规划许可文件等，以确认该建筑是否确实存在违章行为。
   • 若确认存在违章行为，巡查部门会进一步认定违章建筑的性质、面积、结构等，为后续处理提供依据。

2. 责令限期改正或拆除：

   • 根据违章建筑的性质和情节严重程度，巡查部门会向当事人发出责令限期改正或拆除的通知。
   • 对于情节较轻、可以改正的违章建筑，通常会要求当事人在规定期限内自行改正，如补办规划许可手续、调整建筑结构等。
   • 对于情节严重、无法改正或拒不改正的违章建筑，巡查部门会依法作出强制拆除的决定，并组织实施拆除。

3. 行政处罚：

   • 除了责令改正或拆除外，巡查部门还可以根据相关法律法规的规定，对当事人处以罚款、没收违法所得等行政处罚。
   • 罚款的数额通常根据违章建筑的性质、面积、情节严重程度等因素确定，旨在惩罚违法行为并起到警示作用。

4. 申请法院强制执行：

   • 若当事人在规定期限内拒不履行改正或拆除义务，且未提起行政复议或行政诉讼的，巡查部门可以依法向人民法院申请强制执行。
   • 法院在审查后，若认为巡查部门的申请符合法律规定，会裁定准予强制执行，并由法院或巡查部门组织实施拆除。

5. 其他处理措施：

   • 在某些特殊情况下，如违章建筑涉及公共安全、历史文化保护等，巡查部门还可能采取其他处理措施，如查封、扣押等。
   • 同时，巡查部门还会加强与相关部门的沟通协调，共同打击违章建筑行为，维护城市规划和建设秩序。