标书未按时提交，代理机构一般不可以单方面撤回，但具体需视招标文件规定及实际情况而定。以下从不同角度为您详细分析：

一、从招标文件规定角度

招标文件是招标活动的法律性文件，对招标人和投标人均具有约束力。如果招标文件中明确规定了标书提交的时间、方式以及未按时提交的处理方式，那么代理机构和投标人都应当严格遵守。

1. 若招标文件明确规定未按时提交标书视为无效或放弃投标：

   • 在这种情况下，代理机构无需撤回标书，因为未按时提交的标书已经自动失去了投标资格。代理机构只需按照招标文件的规定，对按时提交的标书进行评审即可。

2. 若招标文件未明确规定未按时提交标书的处理方式：

   • 代理机构通常不能单方面撤回未按时提交的标书。因为撤回标书需要基于一定的法律依据或合同约定，而招标文件未明确规定的情况下，代理机构无权擅自处理。此时，代理机构应当与招标人沟通，根据招标人的指示或招标活动的实际情况，决定是否给予投标人补交标书的机会或其他处理方式。

二、从实际操作角度

在实际操作中，代理机构在处理未按时提交标书的情况时，应当遵循公平、公正、公开的原则，确保招标活动的顺利进行。

1. 及时通知投标人：

   • 如果代理机构发现投标人未按时提交标书，应当及时通知投标人，并告知其可能面临的后果。这有助于投标人及时了解情况，并采取相应的补救措施（如果招标文件允许的话）。

2. 与招标人沟通：

   • 代理机构应当与招标人保持密切沟通，及时汇报标书提交情况，并根据招标人的指示或招标活动的实际情况，决定后续处理方式。这有助于确保招标活动的顺利进行，并维护招标人和投标人的合法权益。

三、从法律后果角度

如果代理机构擅自撤回未按时提交的标书，可能会面临一定的法律后果。

1. 违反招标文件规定：

   • 如果代理机构的行为违反了招标文件的规定，招标人可能会要求代理机构承担相应的违约责任，如赔偿损失等。

2. 损害投标人利益：

   • 如果代理机构的行为损害了投标人的利益，投标人可能会依法向代理机构提起诉讼或申请仲裁，要求代理机构承担相应的法律责任。

建议：在实际操作中，代理机构应当严格遵守招标文件的规定和法律法规的要求，确保招标活动的公平、公正、公开。如果遇到未按时提交标书的情况，应当及时与招标人沟通，并根据实际情况决定后续处理方式。如果您在招标活动中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。