结论前置：关于“两押一租的商铺是否可以押金抵房租以及是否合法”的问题，这主要取决于租赁合同中的具体约定以及双方协商的结果，若合同中有明确约定或双方达成一致，则押金抵房租是合法的；若合同无约定或双方未达成一致，则不能擅自以押金抵房租。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果租赁合同中明确规定了押金可以抵扣房租的条款，或者双方在合同履行过程中通过补充协议、书面确认等方式达成了押金抵房租的共识，那么这种行为是合法的，双方应当按照约定履行。
合同无明确约定：
- 如果租赁合同中没有明确规定押金可以抵扣房租，那么承租人擅自以押金抵房租的行为可能构成违约。出租人有权要求承租人按照合同约定支付房租，并可能要求承租人承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
二、法律规定角度
- 押金性质：押金通常作为租赁合同的担保，用于确保承租人按照合同约定履行义务，如按时支付房租、保持房屋完好等。押金并不等同于房租，其性质和用途在合同中有明确约定或法律规定。
- 法律原则：根据《民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照合同约定履行各自的义务。未经对方同意，任何一方不得擅自变更或解除合同。因此，如果承租人未经出租人同意擅自以押金抵房租，可能违反了诚实信用原则和合同约定。
三、实际操作建议
审查合同：
- 承租人在考虑以押金抵房租前，应首先审查租赁合同中的相关条款，了解押金的使用规定和房租的支付方式。
与出租人协商：
- 如果合同中没有明确规定押金可以抵扣房租，承租人应与出租人进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果出租人同意以押金抵房租，双方应签订书面协议或补充协议，明确各自的权利和义务。
遵守合同约定：
- 如果合同中有明确规定或双方未达成一致，承租人应遵守合同约定，按时支付房租，不得擅自以押金抵房租。否则，可能面临法律责任和信用损失。
总结与启示：在商铺租赁过程中，双方应明确约定押金的使用规定和房租的支付方式，并在合同中详细列明。如果承租人希望以押金抵房租，应与出租人进行充分协商并达成一致意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。